Вот печальное шествие подошло к морю. Дальнейший путь предстоял по льду. По приказу главного начальника Кронштадта, всем, кто желал проводить дорогого усопшего по морю, предписано было идти рядами, друг от друга не менее как на два шага. Приказ этот был сделан в виду непрочности льда. На всем морском пути устроили пять спасательных станций, а через образовавшиеся трещины на льду соорудили мостики. Весь путь был пройден менее чем в три часа».
Из Ораниенбаума в Петербург гроб с телом был доставлен в специальном траурном вагоне. Император Николай II особо повелел, чтобы траурная процессия была направлена по невской набережной с тем, чтобы она миновала Зимний дворец. У Священного синода была сделана остановка и произнесено краткое молитвословие об упокоении души усопшего. Далее, сопровождаемая десятками тысяч людей, колесница с телом двинулась в направлении Иоанновского монастыря, к месту упокоения Всероссийского пастыря.
Когда началась поздняя обедня, храм вдруг осветился проглянувшим в него ярким солнцем, чьи лучи легли на гроб с телом отца Иоанна, и это было как знамение победы света над тьмой. По окончании литургии протоиерем Философом Николаевичем Орнатским была вдохновенно произнесена речь, которая отозвалась в сердцах всех присутствовавших. В конце ее, обращаясь к сестрам святой обители, он сказал:
— Не плачьте! Теперь он ближе к вам и никогда уже не уйдет от вас. В нем вы приобрели себе игумена. С вами будут его честные останки; вместе с останками его здесь будет витать и его бессмертный дух. Ходите на его могилку молиться, плакать, каяться в своих грехах, просить его совета и наставления! Водите к нему и паломников, которые непрерывной чредой пойдут к нему! Сюда не зарастет народная тропа.
Нижний храм Иоанновского монастыря стал местом упокоения кронштадтского праведника, где мощи его и ныне сберегаются под спудом в мраморной гробнице. Едва усыпальница была сделана доступной для поклонения, у горобницы сразу же стали происходить исцеления. И по сей день место захоронения отца Иоанна Кронштадствого посещаемо многоими и многими страждущими со всей России, которые надеются на помощь и исцеление.
8 июня 1990 года на Поместном соборе Русской православной церкви праведный отец Иоанн Кронштадтский был причислен к лику святых.
Дни празднования памяти святого праведника Иоанна Кронштадтского: 20 декабря (2 января) — в день его кончины, 19 октября (1 ноября) — в день рождения его и в день памяти его святого покровителя святого праведного Иоанна Рыльского.
