В ночь на 20 декабря отец Иоанн испытывал особенно сильные страдания, близко четырех часов он был причащен в последний раз. Находившимся при нем священником Иоанном Орнатским был прочитан Канон на исход души и отходная молитва, к окончанию которой Иоанн Кронштадтский уже лежал без движения, со сложенными на груди руками.
Узнавшим, что отец Иоанн скончался, и прибывшим к нему на квартиру в полном составе причтом Собора святого апостола Андрея Первозванного были совершены над телом полагающиеся обряды, покойный был облачен в священническое одеяние и белую митру, которые он сам приготовил загодя.
Когда он получил доклад обер-прокурора Священного Синода о кончине протоиерея Иоанна Ильича Сергиева, Николай II собственноручно на нем начертал: «Со всеми почитавшими усопшего протоиерея отца Иоанна оплакиваю кончину его». Императрицы Мария Федоровна и Александра Федоровна распорядились возложить от их имени белые розы в венках на гроб скончавшегося кронштадтского батюшки.
Пересекая Неву пешим шагом и в экипажах, желающие проститься с батюшкой Иоанном люди бесчисленной и бесконечной вереницей направлялись в Кронштадт. Когда была отслужена последняя панихида на квартире его, то в сопровождении печального колокольного звона гроб с телом преставившегося пастыря перенесли на руках в Андреевский собор, который к тому времени уже весь заполнился народом. Чтобы сдерживать несметную толпу во время хода, вдоль улиц были поставлены рядами солдаты сухопутных войск. Вслед за панихидой началось прощание с почившим отцом Иоанном, длившееся на протяжении всей ночи с 21 на 22 декабря до 6 часа утра.
Улицы были заполнены тысячами ожидавших людей. После литургии гроб был вынесен, и соборным священником отцом Павлом Виноградовым было произнесено надгробное слово, в завершение коего он сказал: «Мы ничем другим не можем отблагодарить нашего дорогого усопшего, как земным поклоном». Едва эти слова прозвучали, огромная масса людей преклонила колени.
Н. И. Орнатский так описал дальнейшее:
«Для участия в шествии собрались хоругвеносцы со всех Кронштадтских церквей. Впереди шли драгуны со знаменем и хором музыки. Затем шли певчие, духовенство, за ним следовала колесница с гробом и за нею высокие начальствующие лица. Народ шел густой толпой, не менее чем в 20 тысяч человек. У всех попутных церквей совершались литии. По всей дороге через город стояли шпалерами войска. Когда шествие проходило мимо лютеранской церкви, стоящей на берегу моря, с колокольни ее раздался погребальный звон, долго не умолкавший.
