Святитель Игнатий познакомился с архиепископом Нилом ещё будучи архимандритом Сергиевой пустыни. Так, упоминания о нем встречаются в его письмах к игумену Югской Дорофеевой пустыни Варфоломею. Например, в письме от 3 августа 1857 г. он сообщает: «С второго на третье число сего августа месяца Преосвященный Нил ночевал в Сергиевой Пустыне». Во время своего пребывания в Петербурге для присутствия в Священном Синоде Преосвященный Нил принимал участие в хиротонии архимандрита Игнатия Брянчанинова во Епископа Кавказского и Черноморского.
Переписка между ними возникла сразу же по приезде святителя Игнатия на Бабайки. Первое из сохранившихся 39 его писем, отправленное 15 января 1862 г., свидетельствует об уже установившихся отношениях, а в письме от 12 июня того же года епископ Игнатий благодарит «Милостивейшего Архипастыря… за ту любовь, за ту искренность, в объятиях коих я находился во время пребывания моего в Ярославле». Письмо это, кстати, уточняет дату, приведенную в Жизнеописании, поездки святителя Игнатия в Кострому и Ярославль. Другие письма свидетельствуют о благожелательном отношении Преосвященного Нила ко всей деятельности святителя Игнатия в монастыре, в частности, о его содействии в сборе средств на начавшееся строительство нового храма. В этом отношении примечательны письма от 14 и 23 февраля 1866 г., в которых святитель Игнатий советуется с Преосвященным Нилом по поводу найденного близ монастыря камня. Дело в том, что, будучи в Екатеринбурге, Преосвященный Нил посетил там «Фабрику шлифовальную, или гранильную, как ее здесь называют. <…> Из камней, наиболее употребительных на фабрике суть: разноцветные яшмы, агаты, порфиры, топазы, или точнее горные хрустали, и раухтопазы. <…> В качестве первостатейных показывают здесь ставки цирконовые, гранатовые, аметистовые». Увлекшись здесь камнями, Преосвященный Нил собрал «замечательный по собранию и высокой ценности минералогический кабинет», завещанный им Санкт-Петербургскому университету. Конечно, Преосвященный Нил показывал свой минералогический кабинет епископу Игнатию, который мог оценить его по достоинству…
Последнее письмо святителя Игнатия к Преосвященному Нилу было написано 18 апреля 1867 г. — за 12 дней до кончины.
Письма
святителя Игнатия
к Высокопреосвященному Нилу (Исаковичу)35
Ваше Высокопреосвященство,
Милостивейший Архипастырь и Отец!
Ризничий мой передал мне, что Ваше Высокопреосвященство изволили сообщить ему о расположении Вашем дозволить поступление в Бабаевский монастырь тем из воспитанников Ярославской семинарии, которые захотят вступить в оный. А я именно об этом хотел просить Вас при личном свидании. Спешу объяснить пред Вами предположения по сему предмету.
