Сделав еще один поход, в котором, по некоторым данным, лодка 12 июля южнее мыса Колкасрагс отправила на дно баржу с боеприпасами (см. П. Грищенко «Схватка под водой». М., 1983. С. 57), что не соответствует действительности, «М-79» в составе конвоя № 1 вместе с другими кораблями КБФ 28–29 августа совершает печально известный переход из Таллина в Кронштадт.
28 сентября 1941 года лодка прибыла в Ленинград и встала у стенки завода «Судомех». 15 декабря от близких разрывов немецких снарядов «М-79» получила незначительные осколочные повреждения корпуса. 4 апреля 1942 года лодка вновь получила повреждения от авиабомб. «М-79» встала на ремонт и в 1942 году в боевых действиях участия не принимала. В апреле 1942 года командиром «М-79» назначен старший лейтенант Кочетков Константин Сергеевич.
В июне 1943 года «М-79» начали готовить к переводу на Ладогу. 25 июня корабль вошел в состав Ладожской военной флотилии. 5 июля 1943 года по железной дороге лодку доставили на Ладожское озеро, и после восстановительного ремонта и курса боевой подготовки 29 сентября 1943 года «М-79» вышла в первый боевой поход на новом театре. 2 октября лодке пришлось вернуться из-за повреждения муфты «Бамаг». До ледостава «М-79» еще четыре раза выходила в походы в основном с разведывательными целями и высадки разведгрупп на территории противника.
9 марта 1944 года капитан-лейтенант Клюшкин убыл к новому месту службы (был назначен командиром «С-4»). Лишь 5 июля на «М-79» назначен новый командир — капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3-го ранга) Тращенко Семен Зосимович. Все лето 1944 года «М-79» простояла на базе, но многие источники указывают на участие лодки в Свирско-Петрозаводской операции (24–25 июня 1944 года «М-79» в паре с «М-77» прикрывала высадку десанта в районе Тулоксы). 20 августа «М-79» по Неве перешла в Ленинград и 1 сентября возвращена в состав Краснознаменного Балтийского флота.
Техническое состояние лодки было тяжелым, и ее поставили на консервацию. 22 февраля 1949 года «М-79» разоружена, исключена из состава ВМФ СССР и сдана на разборку.
7 боевых походов:
22.06.1941-01.07.1941.
08.07.1941-14.07.1941.
29.09.1943-02.10.1943.
09.10.1943-11.10.1943.
21.10.1943-25.10.1943.
18.11.1943-24.11.1943.
26.11.1943-01.12.1943.
В торпедные атаки не выходила. Побед нет.
Заложена 25 августа 1934 года на заводе № 198 (им. Марти) в Николаеве под строительным номером 303. Секциями по железной дороге подводная лодка перевезена на завод № 190 в Ленинград, где производилась ее окончательная сборка. 15 сентября 1935 года «М-80» спущена на воду и 22 июля 1936 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
