До конца января 1940 года подводная лодка простояла в аварийном ремонте.
22 июня 1941 года «М-78» встретила под командованием старшего лейтенанта Шевченко Дмитрия Леонтьевича, который принял лодку только в мае 1941 года в составе 4-го дивизиона 1-й бригады ПЛ КБФ в Либаве. В этот же день из-за угрозы захвата города в паре с «М-77» покинула Либаву и направилась в Усть-Двинск. Старшим на борту «М-78» был командир 4-го дивизиона ПЛ капитан-лейтенант Матвеев Степан Ионович. Согласно инструкции лодки шли в надводном положении, но налет авиации противника заставил лодки идти под водой. Вскоре батареи «М-78» разрядились, и она была вынуждена всплыть, чтобы стать жертвой атаки немецкой субмарины «U-144» (командир Гердт фон Миттельштадт). «М-78» погибла со всем экипажем в 15 человек в точке с координатами 57°28′ с.ш./21°17′ в.д., став первой подводной лодкой ВМФ СССР, погибшей в Великой Отечественной войне.
В 1999 году совместной латвийско-шведской экспедицией корпус лодки был обнаружен с помощью сонара, установленного на борту шведского судна «Альтаир». Лодка покоится на глубине 60 м в 9 милях от Вентспилса.
В советско-финляндскую войну 4 боевых похода:
30.11.1939-06.12.1939.
16.12.1939-19.12.1939.
01.01.1940-07.01.1940.
22.06.1941 — из похода не вернулась
В торпедные атаки не выходила. Побед нет.
Заложена 25 августа 1934 года на заводе № 198 (им. Марти) в Николаеве под стапельным номером 302. 15 сентября 1935 года подводная лодка спущена на воду, а затем перевезена по железной дороге в Ленинград, где 10 октября 1936 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
В сентябре 1938 года «М-79» под командованием старшего лейтенанта Ф. И. Иванцова чуть не стала причиной международного конфликта, когда в нейтральных водах ее попытался таранить финский броненосец береговой обороны «Вайнемяйнен». Лодка еле успела погрузиться, а данный случай лег в копилку взаимных обид, вылившихся в ноябре 1939 года в советско-финляндскую войну.
Начало «зимней» войны подводная лодка встретила под командованием капитан-лейтенанта Афанасьева В. К. в составе 24-го дивизиона 3-й бригады ПЛ КБФ в Таллине. С момента открытия боевых действий подводные лодки активно привлекались к несению боевого дежурства в Финском заливе, но уже в начале декабря 1939 года «М-79» встала на ремонт.
22 июня 1941 года лодка встретила под командованием старшего лейтенанта (впоследствии капитан-лейтенанта) Автомонова Ивана Васильевича в составе 4-го дивизиона 1-й бригады ПЛ КБФ в Либаве. В этот же день «М-79» заняла позицию на подходах к Либаве. На борту «М-79» в качестве обеспечивающего в море вышел командир «М-71» капитан-лейтенант Костылев. 26 июня лодка оставила позицию, а так как Либава уже была занята противником, «М-79» пришлось идти в Палдиски, куда она благополучно прибыла 1 июля.
