Работы по хозяйственному обслуживанию лагерных пунктов усиленного режима, предназначенных для содержания осуждённых по составу контрреволюционных преступлений, за бандитизм и разбой, возлагались на судимых за бытовые и хозяйственные преступления на срок до пяти лет. Проживали они в отдельных бараках или за пределами жилых зон и находились на положении расконвоированных. Колонии предназначались для осуждённых на срок до трёх лет.
При Берии было введено в действие и новое «Положение о тюрьмах НКВД для содержания подследственных» (1939), действие которого распространялось и на центральные тюрьмы ГУГВ НКВД СССР (Внутренняя, Лефортовская, Сухановская, Бутырская), внутренние тюрьмы НКВД и УНКВД республик, краёв и областей со следующими для этих тюрем ограничениями: подследственных запрещалось использовать на хозяйственных работах, извещение о смерти родственникам не высылалось и трупы не выдавались.
Воссоединение Латвии, Литвы, Эстонии, Западной Украины и Белоруссии, Бессарабии, военный конфликт с Финляндией существенным образом сказались на снабжении осуждённых продуктами питания. Выделенные ГУЛАГу на первый квартал 1940 года фонды на продовольствие не обеспечивали потребности лагерей. По мясу они покрывались только на 62 %, по рыбе — на 42 %, растительному маслу — на 55 %, салу — на 26 %, сахару — на 43 %. Совершенно не предусматривалось поступление макарон. В этих условиях ГУЛАГ был вынужден пойти на сокращение всем категориям осуждённых хлеба на 100 граммов. Для замены мяса предполагалось использовать конину за счёт выбраковки лошадей. Ужесточался контроль за использованием мяса. Были проверены все лица, работавшие с продуктами, и ненадёжные освобождались от этой работы.
Следует отметить, что с приходом Берии к руководству НКВД СССР прекратились массовые расстрелы осуждённых, наметилась некоторая либерализация условий отбывания наказания, принимались энергичные меры, направленные на общее улучшение обстановки в лагерях. Однако бурный рост числа лишённых свободы вследствие этапирования из тюрем уголовных преступников с воссоединённых территорий и реализации уголовного законодательства, нацеленного на укрепление трудовой дисциплины в обществе, — всё это не позволило полностью стабилизировать обстановку, существенно улучшить условии содержания контингента. Не удалось полностью сломить и сложившиеся ранее у сотрудников стереотипы отношения к осуждённым, а это не могло не отразиться на конечных результатах деятельности мест лишения свободы. Исправительно-трудовая система только становилась на путь позитивных сдвигов, но помешала война.
