В сентябре 1936 года Сталин прочитал рапорт военной службы ГПУ, бросающей подозрение на Ягоду в том, что он мягок в репрессиях против троцкистов. 27 сентября Ягода отстраняется от должности наркома внутренних дел и становится наркомом связи вместо снятого с этого поста А. Рыкова. Фактически участь его была предрешена, и перемещение являлось своего рода тактическим ходом.
Нам представляется, что выдвинутое обвинение в телеграмме против Ягоды является чисто формальным поводом. Ведь именно он первоначально загнал троцкистов и других оппозиционеров в ссылку, а затем пустил их по второму кругу через тюрьмы и исправительно-трудовые лагеря. Под его руководством были подготовлены политические процессы в отношении правых и других после гибели Кирова. Поэтому упрёк в адрес Ягоды крайне неубедителен. После подобного обвинения, чтобы удержаться в своём кресле, Ягода вполне мог решить задачу по тотальному разгрому оппозиции, выполнив «пятилетку» в один год. Было бы наивным полагать, что Сталину со Ждановым потребовался козёл отпущения. Между Москвой и Сочи был разыгран политический спектакль с заменой главного действующего лица. Пожаловаться было некому: со Сталиным ему просто не дали связаться.
Дело, очевидно, заключалось в другом. Сталин и его ближайшее окружение вполне отчётливо осознавали ту силу, которую сконцентрировал в своих руках Ягода за годы работы в ведомстве и после того, как стал его главой. Мимо Сталина не прошла и та информация, которой владел Н.И. Ежов, заведуя орготделом ЦК ВКП(б). Кому-кому, а Ежову было достаточно ясно видно, с каким усердием и настойчивостью Ягода повсеместно расставлял на ключевых постах (и не только своего ведомства) нужных ему людей. Ягода стал слишком опасным, и пришло время его убирать с политической арены.
Начиная с конца 1936 года то тут, то там проводятся аресты выдвиженцев Ягоды. Остающиеся на свободе уже под руководством Ежова старательно выполняют секретную инструкцию, разрешавшую НКВД применять пытки к «шпионам, контрреволюционерам, троцкистам и зиновьевцам». Близился и черёд Ягоды.
В апреле 1937 года центральная пресса оповестила граждан страны о том, что:
«Постановлением Президиума ЦИК СССР от 3 апреля 1937 года ввиду обнаруженных должностных преступлений уголовного характера…
1. Отрешить от должности народного комиссара связи Г.Г. Ягоду.
2. Передать дело Г.Г. Ягоды следственным органам».
Следствие по делу Ягоды длилось почти год. На первоначальном этапе следователи пытались связать дело Ягоды с «военно-фашистским заговором в РККА». Но он упорно отрицал показания своих бывших подчинённых, Г.Е. Прокофьева — заместителя наркома внутренних дел и М.И. Гая — начальника особого отдела ГУГБ, подтверждавших его связь с М.Н.Тухачевским, И.П. Уборевичем, Р.П. Эйдманом и другими военачальниками. На следствии Ягода показал: «Личных связей в буквальном смысле слова среди военных у меня не было. Были официальные знакомства. Никого из них я вербовать не пытался…»
