Наиболее трудной проблемой первого периода войны являлось перемещение заключённых. В первые месяцы военных действий на железных дорогах образовались немыслимые пробки. Приходилось затрачивать огромные усилия, чтобы протолкнуть на фронт эшелоны со всем необходимым. Здесь, как говорится, было не до заключённых, хотя их рабочая сила была нужна. Движение эшелонов, занятых перевозкой спецконтингента, замедлилось по сравнению с расчётными графика ми. Ухудшилось снабжение продовольствием, топливом, медикамента ми. Важнейшие оборонные объекты нуждались в полноценной рабочей силе, но это требование не выполнялось. Начальники ИТЛ, колоний, пересыльных пунктов, пользуясь случаем, стремились прежде всего избавиться от инвалидов, а то и вовсе непригодных к труду и злостных нарушителей установленного режима в местах лишения свободы. Таково неписаное правило в местах не столь отдалённых, по которому администрация при первой возможности избавляется от неугодных заключённых. Например, для строительства оборонного завода в Челябинской области ОИТК Армянской ССР отправил заключённых, из которых 8 % умерли в пути. Из добравшихся до места назначения не могли передвигаться без посторонней помощи (крайне истощённые, больные, обмороженные) — 25 %, но и из принятых 19,5 % пришлось госпитализировать. Как было установлено расследованием, эшелон ушёл без медицинского персонала, без оборудованных кухонь. Свыше месяца заключённые питалась сухим пайком.
Наиболее трудное положение во время войны складывалось во вновь организуемых лагерях. Плохие жилищно-бытовые условия, неудовлетворительное питание и медицинское обслуживание, нехватка одежды и обуви — всё это порождало повышенную смертность. Её пик пришёлся на 1942 год, когда умерло по различным причинам 248877 человек. С улучшением обстановки в стране начинает резко снижаться по годам число умерших. В 1946 году умерло 18 154 человека вследствие болезни, старости, производственных травм и др.
Довоенные нормы питания были отменены в апреле 1942 года. Вместо них вводились новые, пониженные. Сухой паёк при этапировании включал: 700 граммов хлеба, рыбопродуктов — 250, сахара — 30, чая — 6 граммов. Но и эти нормы продержались недолго. Специальной запиской по прямому проводу и изъятием ленты начальникам лагерей предписывалось максимально экономно расходовать продукты и особенно хлеб. Выдачу хлеба не увеличивать свыше 800 граммов, рыбы — 50 граммов, мясопродуктов — 20, жиров — 10, овощей и картофеля — 400 граммов. В северной группе лагерей эта норма увеличивалась на 15 %.
