С началом войны места лишения свободы, дислоцированные в западных районах страны, оказались в сложном положении. Спасало то обстоятельство, что на этой территории не имелось исправительно-трудовых лагерей. В колониях же контингент содержался за малозначительные преступления, и практически все заключённые были освобождены. Так, на Украине всего содержалось на 1 июля 1941 года 128874 человека, и сразу были освобождены 81970 человек. Часть пропала без вести, другие погибли, госпитализированы в больницах, распущены по домам. За пределы республики вывезено из колоний и тюрем 38 586 человек.
На НКВД СССР, его органы и учреждения выпала сложная и ответственная задача по устройству, организации труда и быта значительного числа лиц: заключённых, интернированных, сосланных, поселённых в определённой местности, а впоследствии и военнопленных.
По требованию военного командования на оборонительные работы широко привлекались заключённые, следовавшие в пешем порядке вглубь страны. Для этих нужд ГУЛАГ передал 200 тысяч человек. За счёт ресурсов Вычегорского строительства и лагеря НКВД обеспечивались рабочей силой, продовольствием и материальными ресурсами полевые работы строительства 2-го армейского Управления оборонительных работ Государственного комитета обороны, за счёт Беломоро Балтийского лагеря НКВД — полевые строительства Управления оборонительных работ Карельского и Северного фронтов.
Война предоставила возможность лицам, осуждённым за прогулы, бытовые и незначительные должностные преступления, искупить вину перед обществом в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками. В соответствии с указами ПВС СССР от 12 июля и 24 ноября 1941 года из мест лишения свободы были досрочно освобождены указанные категории заключённых с направлением лиц призывного возраста в Красную армию. По этим указам были освобождены 420 тысяч человек, что составило около 25 % от общего числа лишённых свободы. По специальным по становлениям Государственного комитета обороны в течение 1942–1943 годов были досрочно освобождены по целевым разнарядкам с направлением в ряды Красной армии 157 тысяч человек, что составило свыше 10 % от общего числа лишённых свободы. Всего за первые три года войны было передано на укомплектование Красной армии 975 тысяч человек.
Призыв осуждённых в действующую армию имел и ещё одно значение: эта мера не позволяла отдельным гражданам, а таких было не мало, уклоняться от воинской службы посредством совершения не значительных преступлений с расчётом отсидеться в местах лишения свободы. За первые три года войны было задержано дезертиров и уклоняющихся от воинской службы 93 895 человек и дезертиров с предприятий промышленности и транспорта — 27 551 человек. Наибольшее число этих проявлений падало на самое трудное для страны время — 1942 год, а с улучшением обстановки началось их снижение. С целью уклонения от призыва в армию по всем лагерям отмечались факты членовредительства: заключённые отрубали пальцы, кисти рук и др.
