От папы удалось получить крупную денежную сумму и согласие на то, что в случае победы Филипп будет волен определить, кто станет королем Англии. Одновременно шли переговоры с Марией Стюарт о лишении ее сына прав на престол и передаче его прав испанскому королю (июнь 1586 г.). С этим совпал очередной заговор на жизнь Елизаветы и некоторых ее приближенных; в нем участвовало большое количество знатных английских католиков и духовных лиц. Нити заговора вели к Марии Стюарт. О заговоре было сообщено испанскому послу Мендосе, в то время находившемуся в Париже, который, в свою очередь, сообщил о нем Филиппу II (всецело одобрявшему этот заговор). Однако заговор был раскрыт и заговорщики наказаны (сентябрь 1586 г.). Сама Мария Стюарт была казнена.
Теперь Филипп стал уже серьезно помышлять о реализации своего плана. Для предупреждения противодействия со стороны папы и Франции Филипп предложил кандидатом на английский престол свою дочь инфанту Изабеллу Клару Евгению, внучку Карло Медичи. Это было сделано с той целью, чтобы заручиться одобрением папы. Тем временем в Испании усилилась подготовка к вторжению. Шотландские католики и Гизы предложили Филиппу выступить совместно, что дало бы испанцам опорные пункты и порты. Но несмотря на поддержку этого предложения доном Альваро де Басаном, Мендосой и другими опытными моряками, Филипп отверг его.
Со своей стороны, Англия также готовилась к нападению на Испанию с целью поддержать притязания приора де Крату на португальский престол. И хотя проект этот держался в такой строгой тайне, что даже английский посол в Париже не знал о нем вплоть до 9 апреля 1587 г., тем не менее шпионы Филиппа в Лондоне были о нем осведомлены. 18 апреля английская эскадра под командованием Дрейка внезапно подошла к бухте Кадиса и уничтожила все стоявшие там на якоре испанские корабли (правда, этим Дрейк нарушил приказ королевы, предписывавший лишь наблюдение за испанской эскадрой). Действия Дрейка — причем не столько нанесенный англичанами ущерб, сколько проявленные дерзость и наглость — вывели короля из себя. Нападение англичан у Кадиса и нападения на испанские колонии в Америке, совершенные тем же Дрейком, окончательно склонили Филиппа к войне.
Имелись два плана вторжения в Англию. По плану, предложенному маркизом де Санта-Крус (предполагалось, что он будет командовать флотом), в комбинированных операциях должны были участвовать 556 кораблей, 10 тысяч матросов, 63 890 солдат и 1600 кавалеристов. Этими силами Санта Крус думал сразу нанести решающий удар. Король, охваченный нетерпением, отбросил его план подтем предлогом, что подготовка займет слишком много времени, и предложил свой. Первая ошибка короля заключалась в том, что он делил экспедицию на две части: одна — чисто морская, в которой принимал участие только флот, базировавшийся на испанские порты; другая — чисто десантная, которая должна была вестись из Фландрии силами Фарнезе. Для перевозки своих войск через пролив Фарнезе должен был ожидать прибытия флота из Испании.
