Так развертывались события в Нидерландах, когда экспедиция Армады (см. дальше) приостановила деятельность Фарнезе на несколько месяцев. Он получил возможность возобновить военные операции (1587–1588 гг.) в провинциях Гельдерн, Брабант, на линии реки Мозель, в графстве Зютфен и в провинциях Ольвер-Ивер и Фриз лишь после поражения Армады.
Но достижения Фарнезе снова были обесценены еще одним предприятием Филиппа, в которое он ввязался, не рассчитав своих возможностей. Филипп отвлек Фарнезе во Францию для оказания помощи католической лиге. В результате ослабления сил в Нидерландах (1590–1592 гг.) испанцами были потеряны Бреда, Зютфен, Девентер, Дельфзил, Степпвик, Нимвеген и другие города, и все успехи Фарнезе, достигнутые в предшествующие годы, были сведены на нет. Его возвращение в Нидерланды уже ничего не смогло изменить. Он умер 2 декабря 1592 г., потрясенный провалом (по вине короля) своей военной политики.
Последний период этой войны — 1592–1597 гг. — уже не представляет интереса. Преемники Фарнезе — его заместитель Мансфельд, эрцгерцог Эрнест, граф де Фуэнтес и эрцгерцог Альберт — были все значительно менее крупными деятелями, хотя некоторые из них и обладали кое-какими военными способностями. За время их правления испанское господство в Нидерландах окончательно пошатнулось. В этом сыграли свою роль и военные победы, одержанные голландскими полководцами (в особенности Морицем Нассауским, сыном Вильгельма), и мятежи среди испанских солдат, не получавших жалования (мятежи эти приняли размах даже более грандиозный, чем во времена Рекесенса; дело доходило до того, что и жизнь военачальников находилась в опасности), и постоянное отсутствие средств и людских ресурсов для нормального ведения кампании. В 1596 г. Англия и Франция признали независимость северных провинций и заключили с ними тройственный союз. В 1597 г. герцог Нассауский окончательно изгнал испанцев С голландской территории.
Уже будучи почти при смерти и потеряв в себе всякую уверенность, Филипп II, не желая оставлять своему сыну такое тяжелое наследство, как Нидерланды, решил передать их под протекторатом Испании (10 августа 1597 г.) австрийскому эрцгерцогу Альберту, которого женил на своей дочери инфанте Изабелле Кларе Евгении. По условиям договора, в случае если брак будет бездетным и эрцгерцогиня умрет, Нидерланды возвращаются обратно Испании, а эрцгерцог (если в живых остается он) становится правителем. Наследник Филиппа II декретом от 1 февраля 1601 г. признал это право и за эрцгерцогиней. Таким способом король думал развязаться с государством, которое в течение тридцати лет поглощало лучшие силы Испании.
