Восстание морисков таило в себе огромную опасность: с одной стороны, в этом районе, да и вообще на всем полуострове, ощущался сильный недостаток в вооружении и в войсках; с другой — было совершенно ясно, что морискам окажут поддержку берберы, алжирцы и даже турки. Мориски учитывали оба эти обстоятельства, когда решились поднять восстание. Вероятнее всего, что единственной целью их восстания была отмена эдикта. В апреле 1568 г. произошли первые стычки, и мориски обратились за помощью к Фесскому королю. Со своей стороны, Мондехар продолжал настаивать на отмене эдикта в целях избежания еще более серьезных последствий. Но, как и в первый раз, с его мнением не посчитались. В декабре того же года вспыхнуло восстание.
Восставшие мориски избрали своим королем потомка Омейядов, дона Эрнандо де Кордоба и де Валор, который принял арабское имя Абен Гумейя. Однако восставшие, недовольные тем, что он противился всяким эксцессам в отношении испанского населения, убили его и заменили новым королем — Адала Абенабо. Восставшие занимали удобные позиции в горных районах Гранады, обладали большой численностью и уже имели в своих рядах прибывших турок и алжирцев.
Капитан-генералу Мондехару с большим трудом удалось собрать военные силы; в короткой кампании, сочетая некоторые военные успехи с политикой обещаний, привлечения на свою сторону и милостивого обращения, он сумел успокоить восставших. На этом восстание могло бы закончиться. Но Деса (получивший поддержку от правителя Мурсии маркиза де лос Велеса, который без всяких на то указаний вторгся со своей армией на территорию Гранадского капитан-генеральства) воспротивился политике Мондехара и сумел настоять при дворе на своей непримиримой точке зрения. Кроме того, испанские солдаты грабили, жестоко преследовали и убивали даже тех морисков, которым капитан-генерал выдал специальные удостоверения о неприкосновенности. Возмущение и жажда мести вспыхнули с новой силой. Мондехар был смещен, и командование войсками, действовавшими против морисков, перешло к дону Хуану Австрийскому (март 1569 г.), который собрал крупные военные силы, подтянув войска из Неаполя, и установил морскую блокаду побережья.
Восстание разрослось (апрель 1569 г.), охватив район от Альпухарры до гор Альмерии, с одной стороны, и Малагу — с другой. Мондехар подчинился приказу короля и вошел в совет, состоявший при доне Хуане, который своими действиями лишил морисков последней надежды. Жители Аль-Байсина (3500 мужчин и множество женщин) были переселены. Тем не менее кампания против морисков затягивалась, невзирая на приказ короля «вести войну огнем и мечом». Затяжка эта объяснялась теми же причинами» что и медлительность действий королевских правителей в период восстания комунерос. Письма дона Хуана к своему брату и различным придворным за 1569 и 1570 гг. пестрят требованиями о присылке денег на содержание войск.
