Несмотря на то, что император ехал в Германию с твердым решением порвать в случае необходимости с протестантами, а папский легат Камподжи и королевский духовник Гарсиа де Лоайса совершенно откровенно советовали применить силу, Карл снова попытался достигнуть примирения. Но так как он все же хотел заставить протестантских князей посещать католические богослужения, то примирение становилось все менее возможным.
В 1530 г. в Аугсбурге был созван новый сейм, на котором протестанты зачитали и представили императору свой символ веры, получивший с тех пор название «Аугсбургское исповедание», на основе которого был предпринят ряд безуспешных попыток к примирению. Католические теологи написали на этот документ свою рефутацию (опровержение). Император принял ее и повелел протестантам подчиниться под страхом применения силы. Но к силе так и не пришлось прибегнуть, во-первых, потому, что турецкая опасность заставила Карла искать поддержки всех имперских князей, а, во-вторых, потому, что в случае гражданской войны он не мог положиться даже на католических князей. Тем не менее Карл, закрывая сейм, повелел протестантам в течение семимесячного срока подчиниться римской церкви. Протестанты отказались и вскоре образовали в Шмалькальдене лигу против императора.
Последующие 15 лет не принесли существенных изменений: между протестантскими князьями и католиками были и соглашения и разрывы, созывались новые сеймы, издавались императорские указы. Так продолжалось до 1545 г., когда, наконец, император решил объявить им войну, воспользовавшись, впрочем, чисто политическим поводом (неподчинение ландграфа Гессенского императорскому приказу). Однако, вероятнее всего, истинной причиной явилась боязнь того, что реформация перекинется на Нидерланды.
Для войны в Германии Карл использовал итальянские и испанские войска. В Германии это произвело столь же неблагоприятное впечатление, какое в свое время произвело появление иностранцев в Испании. Война быстро закончилась победой императорских войск, разгромивших протестантов в битве при Мюльбергс (1547 г.). Быстрой победе Карла способствовали нерешительность и ошибки военных вождей лиги. Во главе императорских войск стоял герцог Альба, который вскоре приобрел большую известность в качестве правителя Нидерландов.
Усмирив немецких князей, Карл провел некоторые реформы в области политической организации империи (здесь мы говорить о них не будем), а для разрешения церковного вопроса он выдвинул условия, в которых, правда, делались некоторые уступки реформистам, но в основном все сводилось к подчинению протестантов Римской церкви. Князья отвергли подобные условия. Религиозные проблемы были разрешены лишь в результате новой войны (в ходе которой Карл был разбит под Инсбруком войсками своего недавнего союзника князя Морица Саксонского, ставшего защитником протестантов и союзником французского короля; при этом сам Карл едва не попал в плен). Война закончилась подписанием мирного договора в Пассау, ратифицированного на Аугсбургском сейме (25 сентября 1555 г.), по которому протестанты получили равные права с католиками
