В самом же Иране террористические акты меньшего масштаба продолжались все 90-е и нулевые. Ряд атак произошёл в апреле 1992 года, когда МХ атаковала дипмиссии Ирана в 13 странах, — в т. ч. представительство Ирана в ООН. По словам руководства МХ, эти атаки были местью за авиаудары иранской армии по членам МХ в районе Багдада. В 1998 году члены МХ убили руководителя тюремной системы Ирана — Асадоллу Ражеварди (что можно рассматривать как возможную месть за резню в тюрьмах десятью годами раньше).
В 1999-м произошло убийство замначальника Генштаба Ирана Али Сайада Ширази. В феврале 2000-го МХ осуществляет обстрел дворца президента Ирана Мохамеда Хатами.
По версии властей Ирана, с начала исламской революции 1979 года и по сей день от деятельности МХ погибли 17 000 иранцев.
Умиротворение и разоружение
Во время вторжения в Ирак в 2003 году армия США провела ряд бомбардировок объектов муджахединов в Ираке, несмотря на утверждения ОМИН о её нейтральности. Вскоре стороны договорились о прекращении огня, разоружении МХ и перемещении организации в лагерь Ашраф на северо-востоке страны — бывшую военную базу ВС Ирака размером 14 квадратных километров. В 2004 году Министр обороны США Дональд Рамсфилд определил группу как «лиц, пользующихся покровительством согласно Женевской конвенции», хотя такое определение противоречило рекомендации Госдепа США, Верховного комиссариата ООН по делам беженцев, и международного представительства Красного Креста.
В середине мая 2003 года отряды коалиции собрали у МХ более 2139 танков, бронемашин, единиц артиллерии и прочих военных машин. Четвёртая пехотная дивизия отчиталась об уничтожении большей части оружия и боеприпасов, принадлежавших МХ.
По разным оценкам, от 3400 до 4000 членов МХ были собраны в лагере Ашраф — в одном месте (до этого МХ имели имела как минимум шесть баз: вблизи г. Джалула в 100 км от Багдада, в г. Кут, в г. Басра, в г. Аль-Амара и вблизи г. Микдийа в 80 км. от Багдада), задержаны, разоружены и проверены на принадлежность к террористическим атакам в прошлом. Там они пробыли последующие 10 лет, выживая с помощью кустарного производства, пожертвований из-за границы и, возможно, помощи антиирански настроенных стран.
Однако в таком состоянии члены МХ были достаточно уязвимы для атак со стороны проиранских сил, — что, в итоге, и случилось.
В июле 2008-го МХ обратилась в Госдеп США за отменой решения о признании их иностранной террористической организацией (FTO). В случаях такой процедуры организация, которая подаёт заявку, должна привести доказательства того, что сегодняшние обстоятельства существенно разнятся от тех, когда организация была признана террористической. Госдеп изначально пришел к выводу, что МХ остается иностранной организацией, сохраняющей способность и желание включаться в террористическую активность. При этом данное определение не угрожало статусу членов МХ в лагере Ашраф.
