Процесс приговаривания к смерти занимал несколько минут. Если заключённые не желали сотрудничать с режимом, то это считалось признаком симпатии к муджахединам, и их немедленно казнили. Первоначально казни проводились через расстрел, но позже он был заменён повешением.
В Тегеране в тюрьмах Эвин и Гохардашт казни проходили каждый час с 7:30 до 17:00. В первую ночь было казнено почти 3800 человек. Чтобы упростить казни, в тюрьме Эвин (которая, кстати, до сих пор используется для содержания и пыток заключённых иранского режима) заключённые были отравлены. В среднем в августе и сентябре 1988 года осуществлялось по несколько сотен казней в день, достигнув рекордной отметки в 8000 человек за две недели.
Бойня была настолько массовой, что протестовали даже ближайшие доверенные лица Хомейни, например, аятолла Монтазери, за что впоследствии он был уволен. Его протесты также не принесли результата.
В Тегеране тела жертв отправляли ночными конвоями в Хаваранский район к югу от столицы, где их закапывали на пустырях в братских могилах. Места массовых захоронений вскоре стали известны в связи с тем, что их обнаруживали бродячие собаки, которые выкапывали трупы. В других регионах трупы зарывали в каналы или на кладбищах.
В течение пяти месяцев было убито, по разным оценкам, от 5 до 33 тыс. человек, среди которых внушительный процент составляли старики, дети (казнили детей от 13 лет) и женщины. Власти приняли множество мер к тому, чтобы скрыть это массовое убийство, и поэтому реальное число погибших до сих пор не известно. Большинство убитых сидели за осуществление мирной политической деятельности (распространение оппозиционных агитматериалов, участие в демонстрациях, сбор пожертвований для оппозиции и т. п.).
В 2016 году была опубликована аудиозапись переговоров иранского теолога-диссидента Хусейна Али Монтазери и лиц, ответственных за массовые убийства. Из записи следует, что резня готовилась задолго до вторжения, а последнее стало лишь удобным поводом для её осуществления.
Считается, что коллаборантская тактика МХ в ходе ирано-иракской войны сделала их предателями в глазах большинства иранского населения, похоронив тем самым надежды Масуда Раджави на завоевание организацией симпатий иранцев. Такова, однако, была плата за вынужденное присутствие группы в Ираке ввиду практически полной невозможности вести политическую борьбу в своей стране.
По мнению ряда источников, уже после окончания войны МХ также помогала Саддаму Хусейну подавлять шиитско-курдское восстание на юге страны в 1991 году (в ходе подавления восстания погибло, по разным данным, до 180 тыс. человек, а само подавление отмечалось крайней жестокостью). МХ эти обвинения отрицает.
