Объективное усиление власти и влияния Дыбенко в морском ведомстве вызывало протест выборных матросских органов. В Российском государственном архиве Военно-морского флота хранится протокол заседания Центробалта от 15 (28) января 1918 г., который не был опубликован в 1967 г. в полной подборке протоколов Центробалта. На заседании выражалось недоверие Дыбенко как совершающему поступки, «не отвечающие демократическим принципам». В прениях звучали слова: «Я и ранее никогда не верил ни т. ДЫБЕНКО, ни ЛЕНИНУ и я не ошибся, они действительно являются истуканами, когда они обязаны от нас просить доверие и поддержку, а не от нас о нашей благонадежности гарантию. Что это значит, самодержавие что ли, которое от нас требовало гарантии посредством присяги, нет, товарищи, на таких истуканов мы должны смотреть иначе», – так говорил анархист матрос Петр Маркович Скурихин (1895 – после 1932).
На том же заседании гальванерный унтер-офицер Андрей Кузьмич Троянов делал доклад о своей поездке в Петроград и о встрече с Дыбенко, которому он передал требование явиться в Гельсингфорс и отчитаться перед ЦКБФ. Дыбенко ответил, что он должен выступать на III съезде Советов (проходил 10–18 (23–31) января 1918 г.) и поэтому приехать не может. «Также был у т. Ленина, – сообщал Троянов, – с которым имел частную беседу относительно вооружения моряков Балтийского флота, который сказал, что “есть у меня бумага, в которой сообщается, что некоторые товарищи матросы занимаются грабежом, конечно, если бы были все товарищи сознательные, то таких нужно и даже необходимо вооружить”. Я, товарищи, из всех слов тт. Дыбенко и Ленина пришел к такому заключению, что нам необходимо теперь же принять самые решительные меры против т. Дыбенко и пр[очих]». Позднее матрос Камашко заявил, что во время разговора с представителями Центробалта «т. Дыбенко сидел как барон и курил папиросу и мало обращал внимания на них».
Была вынесена очень резкая резолюция: «Заслушав доклад т. Троянова, возвратившегося из Петрограда с поручением подачи ультиматума т. Дыбенко с требованием Центробалта приехать по получении сего в 24 часа для доклада своей деятельности во время пребывания в Морской коллегии и выяснения по вопросу о вооружении револьверами моряков Балтийского флота, а также для получения других более важных ответов и ввиду неоднократного настоятельного требования Центобалта о приезде Народного Комиссара по Военно-морским делам т. Дыбенко для доклада о деятельности Морской коллегии; оставались всегда умалчивающими не придавалось ни малейшего внимания со стороны т. Дыбенко, Центробалт счел необходимым срочно оповестить все морские части Революционного Балтийского флота об уклончивом и как не отвечающем демократическим принципам поступок т. Дыбенко, немедленно заявить, что подобный негодующий и отнюдь не допустимый поступок нами же избранного на такой высокий и ответственный пост, на пост Народного Комиссара, крайне возмутительный, не может быть терпим в рядах передового авангарда Революционных моряков. ЦКБФ постановил: с 17 января с[его] г[ода] лишить полномочий т. Дыбенко быть нашим представителем в Верховной морской коллегии, о чем и ставит в известность Совет рабочих, солдатских и крестьянских депутатов, а также Морской законодательный совет».
