По поводу захоронений и перезахоронений в Петропавловском соборе, произведенных в 1990-е годы, нет единого мнения.
Как уже отмечалось, в Петропавловском соборе в 1998 г. в Екатерининском приделе были погребены останки (названы так только по заключению правительственной комиссии) убитых в июле 1918 г. императора Николая II, императрицы Александры Федоровны, великих княжон Ольги, Татьяны, Анастасии, а также лейб-медика Е.С. Боткина и трех придворных слуг. Их останки были найдены под Екатеринбургом (тогда Свердловск) в 1991 г. В начале XXI в. были еще найдены останки царевича Алексея и великой княжны Марии, так сообщали официальные средства массовой информации.
Вопрос, точно ли останки пяти членов последней царской семьи захоронены в Петропавловском соборе, еще к концу 2012 г. до конца не был ясен. Ведь речь идет о возможном пребывании в этом соборе святых мощей, поскольку последняя царская семья была канонизирована в 2000 г. Русской православной церковью (РПЦ), а еще раньше, в 1981 г., Русской зарубежной церковью. Но чьи останки пребывают в соборе и являются ли они святыми мощами, пока сполна неясно. Как утверждают верующие люди, перед святыми мощами непременно имеют место чудеса. Пребывающие в Петропавловском соборе с 1998 г. якобы останки святых Николая II и членов его семьи пока чудесами не прославились. РПЦ пока не подтвердила пребывание именно их святых мощей в этом соборе.
Мало-мальски грамотные люди знают, что в России с ее более чем тысячелетней христианской историей святые мощи обретаются епископами Церкви и священнослужителями и только специальным благословением на это руководства Поместной церкви. Когда в 1992 г. при встрече родственницы императора Александра III – Ольги Николаевны Куликовской-Романовой (супруги Т.Н. Куликовского-Романова) с Патриархом Московским и всея Руси Алексием II она спросила Патриарха, почему церковные власти не участвуют в непосредственном расследовании и подлинном опознании останков, найденных под Екатеринбургом, Патриарх ответил: «А нас спросили? Нет!» (по Болотину Л., с. 80–81). На представительном уровне РПЦ не участвовала в поисках и идентификации останков.
История с поиском и идентификацией останков последней русской императорской семьи – длинная и запутанная. Судебный следователь по особо важным делам Н.А. Соколов, назначенный (1918) адмиралом А.В. Колчаком расследовать убийство Царской семьи, в 1919 г. имел на это только 2 месяца до наступления красных; на основе проведенного расследования он сделал вывод, что все мученики были сожжены. Но более поздние исследования показали, что следов сожженных тел, облитых бензином и серной кислотой, найдено не было.
