Переговоры с Ичкерией, как известно зашли в тупик, и руководством РФ было принято решение о силовом методе выхода из сложившейся ситуации, что привело к войне 1994—1996 гг.
В целом именно политическая дезинтеграция стала важнейшим фактором для окончательного раскола мусульман бывшего Советского Союза, а особенности политической обстановки в каждом из регионов определили и специфику функционирования ислама на постсоветском пространстве. Продолжилось не только умножение общего количества различных организаций, выступающих со своеобразными трактовками ислама, но и децентрализация уже существовавших мусульманских религиозных учреждений, располагавшихся в различных регионах единого прежде государства — как в масштабах республик, так и более мелких субъектов. Рост сепаратистских и националистических настроений оказал свое влияние и на организацию официальных религиозных структур.
Уже весной 1989 г. стали заметны тенденции по расколу Духовного управления мусульман Северного Кавказа (ДУМСК), причины которого крылись в далеких от религиозной сферы проблемах. В январе 1990 г. здесь выделились ДУМ ингушей Северной Осетии (не было зарегистрировано), ДУМ Кабардино-Балкарии, Чечено-Ингушетии и Дагестана. Последнее, в свою очередь, раскололось на четыре ДУМ, в основе деления на которые лежал этнический признак: аварского, кумыкского, лезгинского (ДУМ Южного Дагестана) и даргинского (Даргинский казыят).
Названные выше конфликты на национальной почве подогревались общей слабостью центральной власти. Однако ни один из них в начале 90-х годов XX в. не носил религиозного характера. Так, военные действия, начавшиеся в декабре 1994 г. на территории Чеченской Республики, были следствием отсутствия налаженных механизмов взаимодействия между центральным правительством и региональной элитой. Идеологическим вектором самопровозглашенного руководства Республики Ичкерия было именно достижение суверенитета. Лишь после гибели генерала Джохара Дудаева в апреле 1996 г. и вследствие притока на территорию республики значительного числа военных специалистов и наемных солдат, принесших с собой радикальные идеи, изначально преподносимое как национально-освободительное по своей природе, движение обрело религиозную оболочку, что вылилось во вторжение вооруженных отрядов с территории Чечни в Дагестан в мае 1999 г. Именно радикализированная окраска их действий дает основание рассматривать дальнейшие меры федеральных сил как контртеррористические операции.
