В это же время началось создание мусульманских общественных организаций. В 1990 г. в Москве образовалась религиозная организация «Аль-Каусар» (с 2000 г. — «Нур»), сконцентрировавшая свою деятельность на нравственном воспитании и развитии мусульманского образования. В апреле 1991 г. был образован Исламский культурный центр Москвы, через год — Исламский культурный центр России. В 1992 г. был создан Исламский клуб Москвы, с осени 1993 г. переименованный в Исламский конгресс России (в настоящее время, с 2004 г., функционирует в качестве ассоциации общественных организаций «Собрание»). Существовал также ряд других организаций (с 1995 г. «Исламский комитет», «Союз мусульман России», и др.).
Сразу после общесоюзного закона «О свободе совести и религиозных организациях», 25 октября 1990 г. вышел закон РСФСР «О свободе вероисповеданий», пока еще в рамках существовавшего Советского Союза. В это же время началось создание региональных мусульманских общественных организаций. Следует отметить, что к 1991 г. в России действовало уже 870 мечетей.
На фоне «парада суверенитетов» бывших советских республик подобные тенденции происходят в РСФСР. В период августа по октябрь 1990 г. большинство автономных республик в ее составе провозглашают себя носителями суверенитета: Карельская АССР, Коми ССР, Удмуртская Республика, Якутская-Саха ССР, Бурятская ССР, Башкирская ССР — Башкортостан, Калмыцкая ССР — Хальмг Тангч, Марийская ССР — Марий Эл, Чувашская ССР, Горно-Алтайская Автономная область. Эти моменты были зафиксированы в Конституции РСФСР 24 мая 1991 г.
30 августа 1990 г. Верховным Советом Татарской АССР была провозглашена Декларация о государственном суверенитете Татарской ССР, где не регламентировалось нахождение ее ни в составе РСФСР, ни в составе СССР. После образования СНГ 26 декабря 1991 г. была принята Декларация о вхождении республики в СНГ в статусе учредителя.
В начале июня 1991 г. была провозглашена Чеченская Республика Ичкерия, в июне заявившая о своей независимости. В феврале 1992 г. вопрос о выходе из состава СССР и РСФСР был поставлен Верховным Советом Карелии.
13 марта 1992 г. Конституционный суд РСФСР признал ряд положений о декларации 30 августа не соответствующими Конституции РСФСР 1978 г., а также результаты февральского референдума в пункте о признании Татарстана субъектом международного права (но не саму правомочность проведения референдума). 31 марта 1992 г. все республики РСФСР, за исключением Татарстана и Ичкерии, подписали федеративный договор. В феврале 1994 г. на основе договора «О разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти Республики Татарстан» были детально прописаны полномочия республики.
