Еще в апреле 1944 г. было объявлено о создании Духовного управления мусульман Закавказья (ДУМЗАК) с центром в Баку, которое возглавил шейх-уль-ислам Ага Али-заде (Зейнал Абидин) (1871—1954), в июне того же года было одобрено создание Духовного управления мусульман Северного Кавказа (ДУМСК) с центром в Буйнакске[11], где и произошло собрание мусульман Северного Кавказа, инициировавшее этот проект, возглавил организацию Хизри-кади Гебеков (ум. 1950).
Духовные управления находились в подчинении новосозданного Совета по делам религиозных культов (СДРК) при Совете Министров СССР. Советская власть приложила значительные усилия по децентрализации мусульман страны, сохранив, в сущности, у региональных ведомств лишь богословские функции, изъяв функции развития религиозного образования и создания структур на местах. При этом уже в 1942 г. в ЦДУМ происходит избрание шести новых кадиев, одновременно ставших главами мухтасибатов, объединивших по несколько регионов. В составе САДУМ были созданы кадияты по каждой из республик.
Однако большевики не извлекли никакого опыта и из происходивших событий. Уже в 1944 г., когда немецкие войска были вытеснены с контролировавшихся советским правительством территорий, начались репрессии в отношении целых республик. Из мусульманских народов были подвержены депортации чеченцы, ингуши, карачаевцы, балкарцы, крымские татары, турки-месхетинцы (ахыска), аджарские турки-османы, хемшилы, курды и др.[12] Даже представители этих этносов, находившиеся на прифронтовой полосе, арестовывались и отправлялись в места ссылок — в Казахстан и Среднюю Азию. Огромные потери эти народы понесли во время самого процесса депортации, огромный урон культуре этих народов был нанесен в период их пребывания в этой ссылке. Травля этих народов началась и на идеологическом уровне — их фактически вычеркивали из официальной истории. Закон о реабилитации большинства репрессированных народов (кроме крымских татар и немцев Поволжья) вышел в 1956 г. Им было разрешено вернуться в 50-е годы XX в., когда была восстановлена территориальная автономия мусульманских народов Северного Кавказа, но ряд районов, где когда-то они проживали, были заняты новыми поселенцами. Вместе с тем советские власти Украины не допустили возвращения крымских татар, а Грузии — турок-месхетинцев, турок-османов и хемшилов. В 60-е годы XX в. началось движение за возвращение крымских татар на родину, но они смогли это сделать лишь на рубеже 80-х — 90-х годов XX в. Длительное время существовали проблемы с возвращением чеченцев-аккинцев в бывший Ахуновский район Дагестана (ныне Новолакский и частично Казбековский р-ны) и Пригородный район Северной Осетии. Если с ауховцами вопрос хотя бы частично был решен, то ситуация вокруг Пригородного района послужила поводом для осетино-ингушского конфликта 1992 г., принесшего многочисленные жертвы с обеих сторон.
