Во время войны Советского Союза с Германией представители мусульманского населения, как и все, призывались в Красную Армию и участвовали в сражениях. В мае 1942 г. советским правительством было инициировано принятие на совещании улемов при ЦДУМ в Уфе «Обращения ко всем мусульманам Советского Союза», от имени муфтия Габдрахмана Расулева призывавшего к джихаду против немецко-фашистских захватчиков.
Вместе с тем не должно удивлять то, что и среди советских мусульман существовали группы, не обнаружившие понимания необходимости и значимости этой войны, принимая участие в которой чуждый для них большевистский режим руководствовался собственными интересами. Еще не до конца утихли бои с сопротивлением горских (например, восстание Хасана Исраилова в 1940 г.) и басмаческих отрядов, а население устало от репрессий и навязывания ему чуждых культурных стереотипов. Поэтому не должно вызывать удивления то, что ряд активных национальных деятелей благожелательно встречали немецкие войска, наивно полагая, что германские власти выступят в роли защитника от произвола. В целом данный вопрос гораздо сложнее той банальной двухмерной картины, которая была нарисована по итогам войны.
Недальновидная политика большевистских властей только способствовала тому, что симпатии непонятого ими населения были не на их стороне. Необходимо сказать, что и лозунги, выдвигаемые немецкой пропагандой, отнюдь не соответствовали действительным планам германского руководства. Однако, как когда-то большевикам, им удавалось создать привлекательные условия, чтобы склонить к сотрудничеству часть представителей национальных элит.
В условиях неудачно протекавшей войны И.В. Сталин принял решение задействовать все рычаги для мобилизации населения. Мусульмане активно участвовали в сборе средств для фронта и оказания помощи семьям солдат, героически проявляли себя и в рядах Красной Армии. Это не раз получало отражение в благодарственных речах И.В. Сталина.
В октябре 1943 г. на Первом курултае мусульманских улемов, одобренном И.В. Сталиным, от имени мусульманских богословов Казахстана и Средней Азии с призывом бороться с германской агрессией выступил освобожденный из тюрьмы авторитетный богослов Эшон Бабахан (1858—1957). Здесь же было объявлено о создании Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана (САДУМ) с центром в Ташкенте. Бабахан был выбран муфтием.
Далее И.В. Сталин еще несколько смягчил свой курс в отношении мусульман в целом, вероятно стремясь избежать усложнения внутренней обстановки в стране с разрушенной экономикой. Уже в мае 1944 г. при СНК СССР был создан Совет по делам религиозных культов, который должен был координировать работу с религиозными организациями. 19 ноября 1944 г. им было принято постановление «О порядке открытия молитвенных зданий религиозных культов», касавшееся прежде всего религиозных сооружений на прежде занятых немцами территориях. Настоящего результата это постановление не принесло, однако сам факт таких намерений говорит о том, что советское руководство стало уделять значительно большее внимание религиозным вопросам.
