Происходила дискриминация молодых людей из семей мусульманских религиозных служителей при прохождении армейской службы. Призываемые в Красную Армию дети мусульманского духовенства демонстративно назначались на самые грязные и унизительные работы, как, например, чистка отхожих мест.
В июне 1926 г. в Мекке состоялся Всемусульманский конгресс, или Конгресс мусульман мира, на котором присутствовали 57 делегаций различных мусульманских стран и территорий и 157 приглашенных лиц и представителей прессы. Советские власти разрешили участие в конгрессе делегации мусульман СССР по главе с муфтием Р. Фахретдином. Такая благосклонность была проявлена для противодействия другому мусульманскому конгрессу, который проходил в Каире по избранию халифа. Делегация мусульман СССР была одной из самых многочисленных. Кроме муфтия Р. Фахретдина в нее входили его заместитель К. Тарджемани (1877—1943), имамы: от духовенства г. Астрахани — Г. Гомери (1887—1937), от духовенства Татарии — Т. Ильяси (1881—1930), муфтий Крыма — Х. Мусляхеддинов (?—?), от духовенства Петропавловска (Казахстан) — Махди Магкулов (1862 (1874?)—1937), от мусульман Туркестана — Абдулвахит Кариев (1859—1937), от мусульман г. Москвы — М. Бигиев, которому делегировали свои полномочия мусульмане Восточного Туркестана. Всего в конгрессе участвовали представители всего Ближнего и Среднего Востока, мусульманской Индии, Восточной Африки и острова Ява. Данный конгресс был еще важен для советских властей тем, что на нем одной из основных задач ставилась борьба мусульманских народов против колониализма западных стран. В итоге так и получилось. Основной идеей конгресса стала задача объединения мусульман для борьбы за независимость. Р. Фахретдин, от имени мусульман СССР выступил в поддержку власти, подчеркивая ее заслуги прежде всего в создании условий для развития мусульманского образования, рассуждая о дальнейших возможностях и широких перспективах, но в действительности его надежды не оправдались.
В конце октября 1926 г. в Уфе состоялся Третий Всероссийский съезд мусульманского духовенства. Помимо того, что собрание было малочисленно, большая часть поднятых здесь вопросов была сочтена советскими органами безопасности «нежелательными» для разработки. Здесь муфтием и председателем был переизбран Р. Фахретдин, его заместителем избран К. Тарджемани.
Резкая смена курса правительства во второй половине 20-х годов XX в. ознаменовала попытки насаждения единой схемы социалистического общества, создания универсального механизма управления на местах, борьбу с религией, отражавшуюся в упразднении мухтасибатов, закрытии религиозных учебных заведений, разрушении мечетей, конфискации земель, уничтожении богословской литературы, арестах и казнях мусульманских учителей и духовных лиц как «контрреволюционных элементов». В 1927 г. были ликвидированы шариатские и адатские суды, конфискованы вакфы, которые существовали на Северном и Южном Кавказе, в Казахстане и в Средней Азии. С февраля 1929 г. после соответствующего постановления ЦК ВКП (б) начинается активная фаза борьбы с религиозными организациями, позиционируемыми как контрреволюционные силы. Коран попадает в список запрещенных книг, начинается массовое изъятие экземпляров изданий из библиотек. С конца 20-х годов начинаются массовые аресты мусульманского духовенства, особенно в тех регионах, где они выступали сторонниками сохранения мусульманского права. Так, в Дагестане в 1930—1933 гг. были репрессированы 1212 религиозных деятелей.
