Однако византийская оккупация продолжается недолго. В то время как армяне, сражаясь с греками, еще пытаются отстоять свои города, в страну вторгаются орды турков-сельджуков. Армяне, еще не забывшие о безжалостности арабов, все же считают сельджуков неслыханно жестокими: летописи без обиняков называют их «зверями-людоедами».
Впервые турки-сельджуки появились на армянских территориях в 1048 году, разграбив несколько провинций страны. В следующем году сельджуки возвращаются уже в несравненно большем количестве, опустошая и сравнивая с землей многочисленные города и деревни и вырезая их жителей. В 1054 году они приходят вновь, ведомые султаном Тугрил-беком (1037-1063), который захватил Персию и Ирак. Они грабят и разрушают почти всю страну, кроме городов Манцикерт (или Маназкерт, нынешний Малацгирт) и Карс, которые оказывают им героическое сопротивление, выдержав более месяца вражескую осаду.
Но народ находится в подавленном состоянии. Перед лицом насилия и часто повторяющихся набегов сотни людей, землевладельцев и крестьян бегут из страны, покидая равнины и города в поисках убежища в горах.
В 1064 году султан Алп-Арслан предпринимает новый поход, захватив и разграбив весь север страны с городами Ани и Карс, Араратскую долину, Агванк и часть Грузии. Наконец, в 1071 году в кровопролитнейшей битве при Манцикерте сельджуки разбивают большое византийское войско Романа Диогена, принуждая Константинополь уступить им также южную Армению. Сами же армяне, разделенные на враждующие княжества и истощенные войной с греками, больше не в силах оказывать сопротивление захватчикам, и в конце века вся страна оказывается под турецким игом.
С того момента, как сельджуки появляются на армянском высокогорье, с середины XI века в течение более чем девяти веков армянская история будет переплетаться с историей турок; различные племена и народности, господствовавшие над армянами, имеют турецкие корни: это сельджуки, татары, мамелюки, войска Тамерлана, различные туркменские орды, османы, современные турки...
При турках-сельджуках резко усиливается процесс демографического обескровливания Армении, а также исход (начавшийся уже в IX веке при арабах) многих армян в Крым, Польшу, Молдавию, Трансильванию, Венгрию, на Кипр, в Египет и в различные средиземноморские порты. Несмотря на период относительного благополучия при халифе Мелик-шахе I (1072-1092), который с симпатией относился к христианам и, в частности, к армянам, в конце XI века древняя Армения приходит в полный упадок: города разрушены, разграблены и оставлены жителями, торговля прервана. Все большее число армянских феодалов отдают Византии свои владения и в обмен на это получают земли в далекой Киликии. Именно здесь получит продолжение культурная и религиозная жизнь армян, которые откроются навстречу плодотворным контактам с Западом.
