В XI веке Византия предпринимает попытки отвоевать земли, некогда принадлежавшие Риму, следовательно, и Армению. Для этого она использует различные методы: обмен территорий, политическое давление, а если надо, то и военную силу. Это происходит именно в тот момент, когда над Арменией нависает новая исламская угроза — сельджуки. Многим княжеским семьям (в частности, Арцруни из Васпуракана, Багратуни из Ани и из Карса) византийские правители предлагают земли по ту сторону Евфрата, в Малой Армении и в оставшихся областях Каппадокии в обмен на их владения в исторической Армении. В случае отказа византийцы готовы применить в качестве аргумента оружие.
Так, в 1021 году царь Васпуракана уступает свое царство грекам в обмен на земельные владения в Каппадокии; в результате Византия занимает юг Армении. В 1045 году византийскому императору Мономаху с большим трудом удается обманом взять Ани, предварительно выманив шестнадцатилетнего царя Гагика II в Константинополь под предлогом переговоров. Наконец, в 1065 году греческие мечи принуждают к сдаче и город Карс.
Государство Багратуни и в целом свободная княжеская Армения прекращают свое существование. Передача Васпуракана и падение Ани и Карса означают конец армянской независимости на территории исторической родины на долгое время: независимое армянское государство в Араратской долине возродится лишь в начале XX века и просуществует не более двух лет. В 1062 году и католикос покинет свою резиденцию в Ани; в течение почти четырех веков после этого его преемники будут находиться в различных городах Киликии.
В Каппадокии знатные семьи, изгнанные из исторической Армении, дают начало значительным по размеру общинам и дворам; так, Арцруни поселяются в Себастии, Багратуни из Ани — в Кесарии, Багратуни из Карса — в Цамандосе. Вдоль берегов Евфрата поднимаются армянские города, монастыри и храмы.
Однако, переселив из Восточной Армении князей вместе с их войсками, византийцы, сами того не сознавая, ослабили собственную империю — незадолго до вторжения турков-сельджуков они убрали на их пути единственное препятствие, которое могло бы для Византии сыграть роль охранительного щита.
Что касается византийцев, поселившихся в исторической Армении, то на всех занятых территориях они пытаются насадить халкидонские догматы и включить Армянскую церковь в состав греческой. Армяне весьма остро реагируют на эти действия. Неприязнь к Константинополю и в целом антихалкидонские настроения, которые усилились уже во времена расцвета царства Багратуни, доходят до того, что церковная иерархия вводит запрет на любые священные изображения и фрески, а католикоса, который якобы питал симпатию к образам, лишают кафедры.
