Действительно, в Византии в 482 году император Зенон (474-491) и патриарх Акакий, стремясь к восстановлению мира в Церкви, обнародовали документ, названный Энотикон, в котором осуждались не только Несторий и Евтихий, но также и положения Халкидонского собора. В течение 35 лет этот документ будет считаться официальной доктриной Константинополя и приведет к временному разрыву с Римом.
В 506 году в Двине, в Восточной Армении, первый национальный Собор, в котором участвуют Церкви Армении, Грузии и Агванка, встает на позицию Зенона: католикос Бабген I повторяет Эфесский Символ веры, решительно предавая анафеме Нестория, Ария, Македония и Евтихия и (менее решительно) Халкидонский собор.
Однако в 518 году новый император Юстин I (518-527) ради примирения Восточной церкви с Римом отвергает Энотикон и принимает Халкидонскую доктрину. Эта мера не имеет никаких последствий для Армянской церкви, которая находится за пределами империи.
Халкидонский собор, состоявшийся немногим более чем через 50 лет после раздела Римской империи и за 25 лет до окончательного падения Рима и образования Византийской империи, сделал Константинополь средоточием императорской и религиозной власти, утвердив главенство новой столицы империи и приуменьшив значение таких древних религиозных патриархатов, как Антиохия и Александрия.
Знаменитое 28-е правило Халкидонского собора гласит: «Престолу древнего Рима отцы, как и подобало, дали преимущества, потому что он был царствующим городом. Следуя тому же побуждению, и 150 боголюбезнейших епископов предоставили такие же преимущества святейшему престолу Нового Рима, справедливо рассудив, чтобы город, получивший честь быть городом царя и сената и имеющий равные преимущества с древним императорским Римом, был бы в соответствии с этим, подобно ему, возвеличен и в церковных делах и стал бы вторым после него».
Окончательное неприятие Халкидона надо рассматривать в контексте общей оппозиции армян политике императора Юстиниана (527-565): действительно, император хочет во всем приравнять Армению остальным римским провинциям. С этой целью он истребляет армянскую аристократию, отменяет феодальный институт нахараров и делит подвластную ему Западную Армению на четыре провинции. Пытаясь собрать всех подданных в единой Церкви, император строит всяческие препоны Армянской церкви.
В результате новый Двинский собор, проходящий как раз в царствование Юстиниана (возможно, это были два собора в Двине — в 551 и 555 годах), гораздо решительнее, чем раньше, отрицает формулировку Халкидона и занимает твердую позицию против Константинополя.
