Непосредственным начальником каждой из военно-фельдшерских школ тогда назначался врач ближайшего госпиталя, а один из ординаторов исполнял обязанности инспектора, он же являлся и преподавателем медицинских наук. Практические же фельдшерские занятия велись госпитальными фельдшерами под надзором врачей и аптекарей. Окончившие курс выпускались на службу в госпитали, лазареты и войска младшими военфельдшерами.
В 1869 г. была проведена серьезная реформа этих школ. Они стали совершенно отдельными учебными заведениями, со своей администрацией, бюджетом и канцелярией. К тому времени, как Иван Сорокин собрался поступать в военно-фельдшерскую школу, на территории России их насчитывалось шесть: Петербургская — на 300 воспитанников, Киевская — на 350, Херсонская — на 200, Московская — на 300, Тифлисская и Иркутская — на 200 мест каждая. Воспитанники были на полном государственном пансионе. Существовали и две школы казачьих войск, для Кубанского и Терского — в Екатеринодаре, а для Донского — в Новочеркасске. Каждая из них была рассчитана на 75 учеников.
Казачьи военно-фельдшерские школы от обычных отличались тем, что небольшая часть их воспитанников не была на государственном пансионе, а набиралась из числа детей зажиточных казаков. Они считались приходящими. Эти ученики платы за обучение не вносили и за полученное образование никаких обязательств перед Войском не имели. Лучшие из них, если появлялись вакансии, и обязательно по желанию, переводились потом в ходе учебы на казенное обеспечение, и тогда уже как и все остальные распределялись после выпуска непосредственно в казачьи части.
После проведенной реформы во главе каждой школы теперь стоял начальник, отобранный из числа штаб-офицеров, обративших на себя внимание своими хорошими педагогическими данными. По дисциплинарным и судебным вопросам ему присваивались права полкового командира. Вторым лицом в школе был инспектор классов, назначаемый из числа врачей. Занятия по Закону Божьему поручалось приходящему священнику, а специальные предметы, обучение практической госпитальной работе вели ординаторы и фармацевты за плату.
Военно-фельдшерские школы стали считаться престижными учебными заведениями у населения среднего класса. Для абитуриентов по праву поступления было установлено целых 8 разрядов, из которых первые два предназначалась для круглых военных сирот и тех, чьи отцы убиты на войне или умерли от ран, полученных в сражениях, а также от увечья, полученного на службе в мирное время. К 3-му разряду относились сироты вообще. Дальше шли: сыновья лиц, состоящих под покровительством Александрийского комитета о раненых, сыновья кавалеров ордена Святого Георгия и знаков отличия ордена, сыновья лиц, имеющих орден Святой Анны, сыновья прочих офицеров и классных чиновников военного ведомства, сверхсрочнослужащих и нижних чинов. К 8-му разряду принадлежали сыновья прочих чинов. При этом в каждом из названных разрядов преимущество отдавалось сыновьям чинов военно-медицинского ведомства.
