Однако к последней четверти XVI столетия уменьшение населения в замосковных и западных уездах достигло больших размеров и вызвало перемену в настроении правительства, возбудив в нем большую тревогу. Опустение земель лишало правительство сил и средств для продолжения борьбы за Ливонию. С опустелых служилых земель не было ни службы, ни платежей, а лучшие населенные церковные земли были «в тарханех» и не несли служебного и податного бремени. Успехи Стефана Батория были так легки и велики не только потому, что у него был военный талант и хорошее войско, но и потому, что он бил врага, уже обессиленного тяжким внутренним недугом. Вялость и нерешительность Грозного в последний период борьбы порождалась, думаем, не простыми припадками личной трусости, а сознанием, что у него исчезли средства для войны, что его земля «в пустошь изнурилась» и «в запустение пришла». Стремлением поправить дело вызвано было в 1572 и 1580 гг. запрещение передавать служилые земли во владение духовенства, в 1584 г. отмена податных льгот (тарханов) в церковных вотчинах. Важность этих мер легко себе представить, если вспомнить, что кругом Москвы две пятых (37 %) всей пашенной земли принадлежали духовенству и что на поместных и вотчинных землях, составлявших остальные три пятых, хозяйство поддерживалось только на одной третьей части (23 %), остальное же (40 %) было запустошено служилыми владельцами. Если данные о подмосковном пространстве можно распространять на весь вообще центр государства, то позволительно сказать, что более половины всех возделанных земель было «в тарханах», а нельготные служилые земли на две трети пустели. Из соборного приговора 1584 г. видно, что правительство в то время уже вполне отчетливо представляло себе такое положение дела. Постановляя отмену тарханов на церковных землях, соборный акт говорит, что владельцы «с тех (земель) никакия царския дани и земских розметов не платят, а воинство, служилые люди, те их земли оплачивают, и сего ради многое запустение за воинскими людьми в вотчинах их и в поместьях, платячи за тарханы, а крестьяне, вышел из-за служилых людей, живут за тарханы во льготе». Таково было правительственное признание землевладельческого кризиса, признание несколько позднее, сделанное уже тогда, когда кризис был в полном развитии и когда частные землевладельцы испробовали много средств для борьбы с ним. Правительство вступилось в дело для охраны своих и владельческих интересов только в исходе XVI в. и действовало посредством лишь временных и частных мероприятий, колеблясь в окончательном выборе направления и средств. Оно не решалось сразу прикрепить к месту всю массу тяглого населения, но создало ряд препятствий к его передвижению. Такими препятствиями должны были служить: временное уничтожение тарханов, запрещение принимать закладчиков и держать слуг без крепостей, явленных определенным порядком, ограничение крестьянского перевоза, перепись крестьянского населения в книгах 7101 (1592–1593) г. Этими мерами думали сохранить для государства необходимое ему количество службы и подати, а для служилых землевладельцев — остатки рабочего населения их земель.
