Встал вопрос и об избрании патриарха. Игнатия еще до воцарения Шуйского великие иерархи российской церкви «изринувши» 18 мая от патриаршества, а 3 июля патриархом единодушно был наречен собором церковных иерархов митрополит Казанский Гермоген, «ревностный и мужественный духом, не призвавший самозванца Лжедмитрия I».
Новое царствование не принесло умиротворения. Власть и сила оказались в руках боярской знати, и против их засилья поднялось стихийное восстание, охватившее южные районы страны.
Новое правительство принимало все меры, чтобы прекратить народное движение, направленное на уничтожение феодального ига. В столице это удалось сделать, но в провинциях восстание приобретало широкий размах. Возглавил народную борьбу против феодалов, за освобождение от крепостной неволи И.И. Болотников — бывший холоп князя А. А. Телятевского.
Иван Исаевич Болотников родился в семье разорившихся провинциальных дворян. Записался в холопство (военный слуга) к князю А.А. Телятевскому, но затем ушел от него к казакам. Во время одного из походов попал в плен к крымским татарам и был продан в рабство. Несколько лет Болотников был прикован к скамье турецкой галеры в качестве гребца. Во время морского сражения был освобожден венецианцами. Из Венеции через Германию и Польшу он пробрался в Путивль. Острого и деятельного ума человек, опытный воин Болотников сразу был замечен. Ему предложили возглавить движение за возвращение престола «законному» царю. Поверив слухам, Болотников искренне называл себя воеводой и военоначальником «царя Дмитрия».
С самого начала восстание под руководством Болотникова приобрело ярко выраженный характер борьбы против засилья московских бояр и царского правительства.
Стратегическими целями восставших являлись захват политического центра Русского государства — Москвы и свержение боярского царя Василия Шуйского. Поход на Москву проходил под лозунгом ликвидации феодальной земельной собственности и крепостной зависимости крестьян и холопов. Большое значение для обеспечения тыла восставших имел захват городов-крепостей Кром и Ельца, где имелись военные запасы и артиллерия. Болотников стремился удержать эти города в качестве материальной базы восстания.
Правительство Шуйского, стараясь ликвидировать восстание в зародыше, также направило к этим городам свои войска под началом Ю.М. Трубецкого и И.М. Воротынского. Они приступили к осаде Кром и Ельца.
В августе 1606 г. войска Болотникова (около 12 тыс. человек) под Кромами нанесли поражение отряду Трубецкого. Потери царских войск составили около 8 тыс. человек. Этот успех активизировал действия отряда служилых людей и казаков под Ельцом (около 10 тыс. человек). Царские войска были отброшены от города. Оказавшись в трудном положении, правительственные войска начали отступление к Калуге. За ними по пятам следовали войска восставших.
