Хотя после смерти матери Яков установил контакт с английскими политиками, почти до середины 90-х годов его шотландская политика не зависела от вопроса об английском наследстве. В 1590–1593 годах он отказался выполнить приказ Елизаветы подвергнуть секвестру земли Джорджа Гордона, первого маркиза Хантли, и его соратников — графов Графорда, Эррола и Ангуса, которые, как не сомневались при шотландском и английском дворах, шпионят в пользу Испании. В 1589 году стала явной переписка склонявшего к католицизму графа Хантли, стоявшего во главе землевладельцев Хайленда (горной Шотландии); в письмах он выражал сожаление по поводу провала экспедиции Великой армады. Королевская армия выступила против графа и быстро добилась его подчинения. Но в сущности, король ни с кем не хотел ссориться; разлад с шотландскими северными графами мог обострить ситуацию при объединении королевств Шотландии и Англии.
Более всего Яков хотел сохранить свою независимость, одновременно испытывая опасения, что Елизавета не сдержит слово. Он был соткан из противоречий. Но великая королева уже видела в будущем объединение корон Англии и Шотландии, могущее обеспечить спокойствие Британии. Правда, она не учла двух факторов — фактора личности короля и фактора времени, в которое это объединение должно было произойти.
Союз с Англией и брак Якова с дочерью одного из значимых протестантских домов Европы лишили радикальных пресвитериан важного рычага давления на короля. Кроме того, у ультрапротестантов не было харизматического лидера, что сильно ослабляло их позиции. Яков весьма жестко поступал с мятежниками из протестантского лагеря, хотя сам был протестантом. Это неудивительно, поскольку их авантюры могли иметь немалую поддержку в шотландском обществе, особенно среди пресвитерианского духовенства, недовольного мягкостью обращения короля с католическими графами. Кроме того, своевольным протестантам симпатизировала английская королева. Среди них был, например, Фрэнсис Стюарт, сын лорда Джона Стюарта, незаконнорожденного отпрыска Якова V и сестры уже известного нам графа Босуэлла. Во время кампании против ведьм в 1591 году он был обвинен в ворожбе против короля и арестован, однако бежал из заключения. 27 декабря того же года Фрэнсис Стюарт неожиданно ворвался в Холируд, где находился Яков, и только чудом королю удалось избежать пленения. Владения графа были конфискованы, но это не помешало ему в 1592 году еще раз попытаться захватить короля, на этот раз в Фолкленде. А в 1593 году, вновь проникнув в Холирудский дворец, он вырвал у Якова обещание помилования, которое последний, впрочем, не собирался держать. Последним актом борьбы Фрэнсиса Стюарта с королем стало нападение, предпринятое его вооруженными людьми в Лейте, в результате чего Якову пришлось укрыться в Эдинбургском замке. Скучать королю, как видно, не приходилось! Лишь в 1595 году Фрэнсис Стюарт был все-таки вынужден эмигрировать во Францию.
