Когда немецкие танки прорвались сквозь Нидерланды и Францию и казалось, что нацисты вот-вот попытаются совершить бросок через Ла-Манш, Фукса вместе с другими иностранцами перевезли в канадский лагерь. Фукс пришел к выводу, что эта неспособность оценить его доказывает склонность британцев к фашизму. Его особенно раздражал запрет на газеты в лагере. В своем признании 1950 года он намекал на то, что, если бы ему разрешили читать о ежедневной доблести англичан перед лицом лишений, все могло бы сложиться по-другому. (Как видно, этот человек так и не понял, что целью запрета на газеты в лагере было помешать фашистам и антифашистам драться из-за каждодневных поворотов военной фортуны.)
Британцы должны были бдительно выявлять нацистских шпионов, которые выдавали себя за беженцев. Заявление Фукса о принадлежности к коммунистической партии не давало абсолютных гарантий. Гитлер и Сталин подписали пакт в 1939 году, чем разрешили своим странам, по крайней мере временно, работать практически параллельно. Кто мог сказать в то время, станут ли Германия и Россия открытыми союзниками или предадут друг друга? В тогдашних обстоятельствах ждать от британцев, чтобы они дали Фуксу полную свободу слова на утесах Дувра, означало требовать слишком многого.
После вторжения Германии в Россию в июне 1941 года Клаусу Фуксу разрешили вернуться в Великобританию, где его ждала штатская должность в университете Глазго. Авторитетные источники намекали, что коммунистическая партия использует вполне невинных германских беженцев-ученых в США для того, чтобы они порекомендовали Фукса как человека, подходящего для научной работы. Профессор Рудольф Э. Пайерлс, выдающийся физик, бежавший в Англию из Германии, узнал о Фуксе и попросил его помочь в некоторых военных исследованиях, которые проводились в Бирмингемском университете. Заранее Фукс не знал, что будет работать над расщеплением ядра, но он бы все равно согласился, и все его последующие действия, по его словам, были бы такими же, независимо от того, чем ему пришлось бы заниматься во время войны. Как Фукс оказался в самом сердце исследований нового революционного вооружения, рассказывается в «Докладе об атомной бомбе» — британском аналоге американского «Отчета Смита», опубликованного в 1945 году:
«В первую очередь необходимо было установить те данные, от которых зависела осуществимость атомной бомбы и которые определяли ее величину. Эти работы уже велись в Ливерпуле в начале 1940 года под руководством профессора Джеймса Чедвика и затем ускоренно продвигались вперед… Многие теоретические аспекты проблемы были изучены профессором Пайерлсом при содействии доктора Фукса и прочих лиц. Они использовали экспериментальные данные, предоставленные Ливерпулем и Кембриджем, чтобы рассчитать критическую величину бомбы, рассмотрели механику реакции и вычислили количество энергии, которое с вероятностью будет высвобождено при атомном взрыве…»
