На последнем курсе университета Фукс выказал значительные способности в экспериментальных и аналитических научных методах. Отказавшись от моральных ориентиров отца, он усвоил в высшей степени материалистическую философию. Затем во имя коммунистической партии он усвоил все низкопробнейшие принципы сталинской пропаганды исходя из веры и добрых дел. Он ничего не проверял, даже то утверждение коммунистов, что наука является одним из орудий классовой борьбы, что настоящий коммунист и в этой сфере должен быть солдатом среди солдат, что объективной истины не существует даже в лаборатории.
Что касается практической жизни, то Клаус нашел себе любовницу в партийных кругах, пока еще жил в родительском доме. Он одевался в таком стиле, который считал пролетарским, и в свободное время вел агитацию на улицах. Он возглавил партийную ячейку в университете, и оттуда его повысили до конспиративной работы. Как оказалось, это льстило его самолюбию (ведь он мог уверить себя, что умнее и важнее, чем думают окружающие), но изматывало нервы. Он выполнял секретные поручения для партии еще до того, как нацисты пришли к власти в 1933 году. Когда Рейхстаг заволокло клубами дыма и началась организованная охота на несогласных, молодой Фукс ехал на поезде на подпольный съезд студенческих лидеров в Берлине. Он ушел из дома и стал сожительствовать с любовницей. По словам Курта Зингера, писателя, который родился в Вене, а сейчас живет в США, — его последняя книга о шпионаже, опубликованная в 1951 году, называется «Тридцать величайших шпионок мира», — любовницу Клауса в партии звали Хильда Брандт, а Brandt по-немецки означает «огонь», хотя во время своей последующей подпольной деятельности в Европе и Америке она использовала также псевдонимы Хайсс и Кальт, что по-немецки значит «жаркий, горячий» и «холодный».
Поскольку на руководителей коммунистической ячейки Кильского университета были выданы ордеры на арест, Клаус Фукс в течение нескольких месяцев скрывался у себя в комнате вместе с любовницей, которая порой выскальзывала наружу купить еды на деньги, выпрошенные у родственников, подозрительных и неохотно помогавших. Клаус часами раскладывал пасьянсы, до бесконечности читал и мрачно думал о будущем. Напряжение в ожидании приказов сказалось на них обоих, и они часто ссорились. Вся семья Фукса между тем испытала на себе бремя гонений. Одна из сестер Клауса, художница, бросилась под поезд и погибла накануне того, как ее должны были арестовать. У другого родственника случился нервный срыв. Презирая скрытность и изворотливость, преподобный доктор Фукс с высоко поднятой головой отправился в концентрационный лагерь, где пробыл девять месяцев.
