Согласно японским хроникам, легендарное основание этого святилища относится к 4 г. н. э., ранее же святилище Аматэрасу, находившееся по традиции в дальних покоях императорского дворца, переносилось со смертью очередного владыки на другое место. Двор владетелей Ямато, как мы помним, вплоть до VIII в. кочевал по одноименной равнине, меняя свое местопребывание со смертью каждого государя или государыни. Первая постоянная столица Японии была основана лишь в 710 г. и получила название Нара. Однако вопрос о месте для святилища Аматэрасу встал еще раньше. В правление полулегендарного императора Судзин (97–30 до н. э) святилище Аматэрасу впервые было вынесено за пределы царских покоев и расположилось в находившейся поблизости от тогдашнего местообитания двора деревушке Касануи. Вот какую запись мы находим в «Нихонги»:
До этого времени двух богов — великую богиню Аматэрасу-Оомиками и Ямато-но Окунитама-но ками почитали ритуалами в великом государевом дворце. Вот, устрашился он мощи этих богов, вместе с ними проживать было неспокойно. Тогда доверил он [принцессе] Тоёсукиири-бимэ-но микото [почитание] Аматэрасу-Оомиками с тем, чтобы впредь обряды [в честь этой богини] совершались в Касануи, в Ямато, и чтобы там восставили святилище-химороги за крепкой каменной оградой.
Однако уже в правление следующего государя, Суйнин, встал вопрос о создании постоянного святилища для Аматэрасу. Поиск места была поручен очередной принцессе крови Ямато-химэ-но микото (Госпожа Дева Ямато), которая тут же отправилась в путь. Когда принцесса добралась до Исэ, к ней вдруг обратилась сама Аматэрасу с таким наставлением: «Это страна Исэ, где дует ветер богов, — страна, куда возвращаются волны из Токоё, Вечного Мира, тяжелые волны. Страна, отдаленная [от Ямато] и прекрасная. Здесь я желаю пребывать». Случилось это, как мы помним, в 4 г. н. э., а принцесса Ямато-химэ-но микото стала первой «целомудренной повелительницей» (сайо-), как именовали принцесс царского рода, назначаемых в главные, важнейшие святилища. Они хранили обет безбрачия, выполняя одновременно роль и верховных жриц, и медиумов, чьими устами божество выражало свою волю. Традиция эта была прервана в XII в., когда императорская система власти пришла в упадок, и больше никогда не возобновлялась.
Спустя почти 500 лет после основания святилища в Исэ, а точнее в 478 г., сюда же было перенесено по требованию самой Аматэрасу и святилище богини Тоёукэ, которое расположилось ближе к пограничной реке Миягава и потому стало называться по отношению к находящемуся в глубине «чистых» земель святилищу Аматэрасу Внешним святилищем, или Палатами —
