Между тем со смертью Сигизмунда II в Польше прекратилась династия Ягеллонов (1572) и престол сделался избирательным. После нескольких смут и колебаний поляки избрали своим королем трансильванского воеводу Стефана Батория. Стефан, бывший весьма искусным полководцем, решился энергически продолжать войну с русскими и лично повел на них свои закаленные в битвах войска, которые состояли из наемной венгерской и немецкой пехоты, польской конницы и многочисленной артиллерии. Нестройные московские ополчения, предводимые неискусными воеводами, начали терпеть везде неудачи; перевес склонился на сторону поляков. В то же время шведы открыли военные действия; полководец их Делагарди оттеснил русских от берегов Финского залива. Баторий отнял назад Полоцк, взял несколько русских городов и осадил Псков. Но сильно укрепленный и обороняемый мужественным воеводою (князем Иваном Петровичем Шуйским) Псков оказал неодолимое сопротивление и отбил все неприятельские приступы. Его геройская оборона много способствовала прекращению войны. Иоанн обратился к посредничеству римского папы, который по этому случаю прислал в Москву иезуита Антония Поссевина. Переговоры с поляками, производившиеся у Запольского Яма (Порховского уезда), окончились десятилетним перемирием (1582); Ливония и Полоцк остались за Польшею. А в следующем году заключено перемирие со шведами, которым уступлены были русские города, лежащие около Финского залива (Ям, Иван-город и Копорье). Лаким образом, попытка Иоанна IV утвердиться на берегах Балтийского моря окончилась полною неудачей.
В то время как извне Россия вела долгую и трудную Ливонскую войну, внутри ее господствовала мрачная эпоха опал и казней. Согласие между царем и его ближайшими советниками, т. е. Сильвестром и Адашевым, продолжалось недолго: пылкий, властолюбивый Иоанн скоро начал тяготиться влиянием своих советников. Сюда же присоединились соперничество их с Захарьиными, родственниками царицы, и нерасположение к ним самой Анастасии.
Начало этого нерасположения и охлаждения Иоанна к своим советникам относят к 1553 году. Вскоре после Казанского похода царь впал в тяжкую болезнь, написал духовную, назначил наследником своего сына, младенца Димитрия, и требовал, чтобы бояре ему присягнули. Тогда во дворце произошли шум и брань: одни дали присягу, другие отказались на том основании, что Димитрий еще мал и вместо него будут управлять Захарьины, что лучше быть государем человеку взрослому; при этом они указали на царского двоюродного брата Владимира (сына Андрея старицкого); последний также не хотел присягать Димитрию. Сильвестр и отец Адашева держали сторону непослушных бояр. Только после настойчивых убеждений царя и верных ему вельмож противная сторона уступила. Иоанн выздоровел, хотя он не показывал на первое время явных знаков неудовольствия, однако не мог забыть этого случая и подозрительно начал смотреть на людей, его окружавших. Царица также считала себя оскорбленною. (Маленький Димитрий вскоре умер.)
