Зная, что за ним охотятся, Гершуни принял все меры предосторожности, чтоб не попасться в руки полиции. Вместо того чтоб доехать до самого Киева, он сошел на одной из пригородных станций. Но там его уже ждали пять охранников, которые арестовали его и препроводили в киевское охранное отделение, где один из главных чиновников встретил его, прямо называя по имени (арестовавшие его сыщики сами не знали, с кем они имеют дело). Гершуни сразу овладели смутные подозрения, он понял, что кем-то был выдан, но его подозрения были беспредметные, не падая ни на одно определенное лицо. В своих «записках» он рассказывает, что за ним не было никакой слежки и что, видно, он был арестован по приказу и указаниям, полученным свыше. Он не скрывает дальше своего недоверчивого отношения к правительственной версии, согласно которой его арест произошел будто бы благодаря доносу какого-то студента, случайно узнавшего о его приезде в Киев и продавшего свой секрет жандармам за крупную сумму денег.
Преданный военному суду Григорий Гершуни держал себя на суде так, что вызвал восхищение даже у злейших своих врагов. Какой-то великий князь, внимательно следивший за процессом, воскликнул в присутствии своих приближенных: «Этот еврей — герой», а один из судей заявил:
«Вот человек».
Гершуни был приговорен к смертной казни. Но самодержавное правительство почему-то не сочло нужным привести в исполнение этот приговор, и несмотря на то, что Гершуни решительно отказался просить помилования, как это ему предлагали, смертная казнь была ему заменена бессрочным заключением в Шлиссельбургскую крепость, откуда через несколько лет он был переведен в Сибирь.
Об обстоятельствах, при которых совершилось покушение на губернатора Богдановича, существуют самые разнообразные и противоречивые данные. Если верить заявлениям Лопухина, сделанным им Борису Савинкову во время их свидания в Лондоне, департамент полиции, как учреждение, не был предупрежден нисколько о том, что затевалось в Уфе. В своих показаниях на суде Лопухин подтвердил это свое заявление. Возможно, мы эту гипотезу не считаем исключенной, что полицейская банда, во главе которой находился Рачковский, была — в этом случае, как и во многих других, — хорошо осведомлена, но скрывала от директора департамента и от правительства дело, сулившее ей несомненные выгоды. Рачковский и К° всячески избегали сообщать что-либо уфимской охранке, преследуя свои особые цели, и тем позволили террористам привести в исполнение задуманный ими террористический акт. Впрочем, во время прений на своем процессе Лопухин заявил по этому поводу, что Азеф «не был в непосредственном распоряжении департамента полиции… и что сношения с ним имели исключительно Рачковский и Ратаев»
