Дело было сделано; оставалось его письменно оформить. Иеремию удержали в Москве до тех пор, пока не изготовили торжественную грамоту об учреждении патриаршества в Москве. Патриарх вселенский подписал эту грамоту вместе с русскими иерархами и с тремя лицами его собственной свиты (греческим митрополитом, архиепископом и архимандритом). Затем греки были отпущены милостиво домой (в мае 1589 г.) с обязательством оформить на соборе восточных церквей совершенное ими в Москве дело. До Константинополя Иеремия добрался только через год (весною 1590 г.) и созвал немедленно собор высших восточных иерархов. Собор вошел в суждение о правильности того, что было содеяно Иеремией в Москве, и, конечно, не все признал канонически правильным; однако патриархат Московский был собором признан и московскому патриарху было определено пятое место среди патриархов православных, о чем и послали соборную грамоту в Москву. В Москве же обиделись: там желали своему патриарху по меньшей мере третьего места, ибо Москва стала третьим «царством» после Рима старого и Рима нового (или Византии).
Восток не уступил. На втором соборе, бывшем в начале 1593 года, в Царьграде в присутствии московского посланника дьяка Григория Афанасьева вопрос о московском патриаршестве был пересмотрен, и дело было оставлено в прежнем положении, главным образом под влиянием ученого александрийского патриарха Мелетия Пигаса. Но и Москва упорствовала: там положили в пренебрежение собор 1593 года и упорно продолжали считать своего патриарха третьим — ниже константинопольского и александрийского и выше антиохийского и иерусалимского. Успех свой Москва чрезвычайно ценила и светло праздновала, между прочим, тем, что иерархически повышала многие свои епископские кафедры: к двум митрополиям (Новгородской и Ростовской) прибавлено было еще две (Казанская и Крутицкая; последняя — в самой Москве — «на Крутицах»); установлено шесть архиепископий и устроено шесть новых епископий. Так росла московская иерархия. Наблюдавший критически московские церковные события митрополит Иерофей, ученый грек, все их приписал энергии и способностям Бориса Годунова. «Царь Федор, — писал он, — был человек смирный, по всему подобный младшему [или „малому“ императору] Феодосию, простой, тихий; а шурин царя, по имени Борис, был ко всему способен, умен, лукав: он всем заведовал, и его все слушались».
Общий голос современников приписывал Борису руководство московской политикой; ему же на счет должны быть поставлены и результаты этой политики. По обстоятельствам данного времени цель московского правительства заключалась в том, чтобы смягчить тяжелые последствия войны Грозного, заставить забыть понесенные Москвою поражения и неудачи и восстановить утраченное ею международное положение. Борису удалось сделать много на этом пути возрождения политической силы Москвы.
