По словам проф. Шпакова, «с момента произнесения им: „Остаюсь“ — переговоры быстро двинулись вперед, и в русских памятниках мы уже находим официальное их описание». Борис Годунов получил царское приказание с патриархом «посоветовати, возможно ли тому остатися, чтобы ему быти в его государстве, Росийском царстве, — в стольнейшем граде Володимире». Получив в общих выражениях согласие Иеремии, хитро пожелали, чтобы он согласился жить не в Москве, а во Владимире. Захудалый Владимир попугал Иеремию. Он имел в виду стольную Москву, блестящий дворец московского царя и пышный «чин» Кремлевского митрополичьего (в будущем — патриаршего) двора; а ему предлагали городок с тремя или четырьмя сотнями дворов на посаде и с обваленною и запустошенною крепостью на высоких берегах тихой Клязьмы. О Владимире один из спутников Иеремии выразился, что он — «хуже Кукуза», армянского городка, где был заточен Иоанн Златоуст. Понятно, что патриарх отказался.
«Чтобы мне быти в его государево государстве, — ответил он Борису, — и яз от того не отмещуся; только мне в Володимере быти не возможно, занеже патриархи бывают при государе всегда; а то что за патриаршество, что жити не при государе? Тому статься никак невозможно!»
В Москве тоже понимали, что патриархи всегда бывают при государях, и если прочили Иеремию во Владимир, то лишь затем, чтобы сбыть его и вовсе с рук. Грек, не разумевший по-русски, пришедший в Москву не зван, а сам собою, при другом живом цареградском патриархе Феолипте, судьба которого была неведома, — такой грек не представлял для Москвы особой прелести. Он сделал то, что от него требовалось: дал принципиальное согласие на установление в Москве патриаршества, — и он мог уйти. Борис хитро довел его до отказа поселиться во Владимире и повел дело далее. Царь Федор на соборе гласно выразил сожаление, что Иеремия отказался от Владимира и пожелал Москвы.
«И то дело не естаточное! — говорил царь. — Как нам то учинити, что… преосвященного Иева митрополита всея великия Росии от Пречистыя Богородицы и от великих чюдотворцев [из Москвы] изженути, а учинити греческого закона патриарха? А он здешнего обычая и русского языка не знает и ни о которых делах духовных нам с ним говорити без толмача не умети».
Вывод отсюда следовал один: «посоветовати» с патриархом, чтобы он поставил на Москву патриархом Иова-митрополита. Борис Годунов и посольский дьяк Андрей Щелкалов «посоветовали» с Иеремией о том столь настоятельно, что грекам «совет» показался требованием. Патриарх, опрометчиво признавший возможность существования в Москве патриарха-грека, нехотя дал согласие на поставление патриарха-туземца и стал просить отпуска домой. Оставалась церемониальная часть дела. Иеремия указывал на необходимость избрания патриарха собором; церковный собор был созван в январе 1589 года и состоял из высших иерархов Русской церкви. Только теперь, полгода спустя после прибытия Иеремии на Русь, московское духовенство приобщалось к делу установления на Руси патриаршества и вступало в сношение с приезжими греческими иерархами. По указанию царя собор избрал по три кандидата на патриаршество и на две вновь учрежденные митрополии — Новгородскую и Ростовскую. Царь из трех кандидатов в патриархи выбрал, разумеется, Иова. От Иеремии спросили греческий чин поставления в патриархи и его изменили, сделав более торжественным. Затем начались торжества наречения и поставления новых иерархов с участием Иеремии и его свиты. 26 января 1589 года Москва, наконец, получила патриарха: Иов был торжественно посвящен в этот сан в Успенском соборе.
