Дума своевременно узнала о побеге двух видных бояр. Вдогонку был немедленно отправлен боярин князь Петр Шуйский, недруг Глинских. В последующей истории много неясного. Беглецы направились к литовскому рубежу из своих ржевских вотчин. До Литвы было рукой подать, но они все же не пересекли границу.
Шуйский с дворянами догнал их в великих тесных и непроходимых местах. Вместо того чтобы продолжать путь, бояре отправились в Москву, намереваясь первыми явиться к царю с повинной. Их оправдания сводились к тому, что они поехали молиться к Пречистой на Оковец, но съехали в сторону (границы), не зная дороги.
Михаилу Глинскому не удалось пробраться во дворец. Он был перехвачен Шуйским на пути к Кремлю и арестован.
Дума произвела розыск и признала дядю царя виновным. Отъезд за рубеж считался тяжким государственным преступлением. Но благодаря ходатайству митрополита и заступничеству Ивана опальные избежали тюрьмы. Однако дума отняла у Михаила Глинского титул конюшего.
Правительство Глинских пало, и с его падением закончилась целая полоса политического развития Русского государства, известная под названием «боярское правление». Правители могли бы справиться с кризисом, если бы располагали прочной поддержкой находившихся в столице дворян и посадских верхов. Восстание обнаружило непрочность их власти в обстановке недовольства, охватившего не только низы, но и верхи. Властям пришлось задуматься над тем, как покончить с дворянским оскудением. Уступки дворянству оказались неизбежны. Обнажившийся социальный антагонизм ошеломил власть имущих, на время ослабил боярские распри и во многом определил характер последующих реформ.
В ходе объединения русских земель власть московских государей чрезвычайно усилилась, но не стала неограниченной. Монарх делил власть с аристократией.
«Царь указал, а бояре приговорили» — по этой формуле принимались законы, решались вопросы войны и мира. Через Боярскую думу знать распоряжалась делами в центре. Она контролировала также и все местное управление. Бояре получали в «кормление» крупнейшие города и уезды страны.
Название «кормление» соответствовало действительности: областные управители собирали пошлины в свой карман, то есть в буквальном смысле кормились за счет населения. Система кормлений была одним из самых архаических институтов XVI в.
Боярская аристократия старалась оградить свои привилегии с помощью местнических порядков. В соответствии с этими порядками служебные назначения определялись не пригодностью и опытностью человека, а его «отчеством» (знатностью) и положением родни (отца, деда и прочих «сродников»). Местничество разобщало знать на соперничавшие кланы и вместе с тем закрепляло за узким кругом знатнейших семей исключительное право на замещение высших постов.
