Когда Николаю исполнилось девять лет, в Европе разразилась эпидемия чумы, которая унесла множество жизней, в том числе и отца Коперника — кормильца семьи. А через несколько лет скончалась и Барбара, оставив детей сиротами. И если бы ее брат — каноник (соборный священник) местной епархии Лукаш Ватценроде — не взял на себя ответственность за племянников, те умерли бы с голоду.
Лукаш был очень образованным человеком, поэтому прежде всего заботился об обучении мальчиков. Как только младший освоил школьную программу, Лукаш дал племянникам денег и отправил их в Краков — поступать в Ягеллонский университет на факультет искусств. По окончании университета братья Коперники планировали поездку в Италию. Однако у Лукаша не было свободных денег, и он предложил племянникам поработать канониками в его епархии, а жалованье потратить на учебу за границей. Анджей и Николай согласились, и в 1487 г. их приняли на должность каноников, выдали жалованье наперед и предоставили учебный отпуск.
Во время обучения в Болонском университете Коперник-младший — при поддержке преподавателя астрономии Доменико Марии Новары — осуществил первое в своей жизни астрономическое наблюдение и сделал первое открытие: в новолуние и полнолуние, если Луна, Земля и Солнце находятся в квадратуре (т. е. угол между ними равен 90°), расстояние от планеты до спутника одинаково. Это поставило под сомнение теорию Птолемея, согласно которой все небесные тела вращаются вокруг Земли.
Завершив трехлетний курс в Болонье, Николай освоил лекарское дело в Падуе, а затем получил степень доктора богословия в Ферраре. В 33 года он вернулся на родину и приступил к обязанностям каноника, а через несколько лет дослужился до канцлера епархии. Но все это время он не прекращал заниматься наукой.
В 1516 г. Николая избрали управляющим церковных владений в двух округах прусской области Вармия. Пруссия в то время воевала с рыцарями Тевтонского ордена, и все духовники Вармии сбежали, оставив Коперника за главного. Не побоявшись взять на себя командование небольшим гарнизоном, Николай обеспечил солдат орудиями, боеприпасами и провизией. И, благодаря природному дару стратега, не сдал крепость врагу. За это после заключения перемирия Коперника назначили генеральным администратором Вармии, а затем — канцлером епархии.
В 1521 г., переехав во Фромброк, Николай занялся врачеванием и вскоре прослыл искусным целителем. А спустя несколько лет уже немолодой ученый впервые влюбился — в юную Анну, дочь своего друга. Поскольку католическим священникам запрещалось вступать в отношения с женщинами, Коперник поселил Анну у себя в качестве экономки. Однако вскоре девушке пришлось уехать из города: новый епископ дал понять, что церковь не приветствует такого положения дел.
