Большинство обнаруженных костей рыб принадлежит тем видам, которые ловятся в бухтах во время приливов: окунь, кефаль и др. Однако встречающиеся кости рыб и животных, обитающих в открытом океане (тунца, акулы, ската и даже кита), свидетельствуют о развитом и искусном морском промысле. При лове рыбы использовались сети, сплетенные из растительных волокон, с грузилами из камня и керамики, костяные (в основном, из кости оленя) крючки и гарпуны. Последние были изобретены в среднем Дзё̄мон — приблизительно в то же время, когда появились долбленые лодки. Рыбаки доходили на них до островов Садо и Микура, пересекали пролив Цугару и Корейский пролив. Лосось, обитавший в реках и на морском мелководье на севере Японии, был одним из основных источников белковой пищи для обитателей тех мест. Для речной ловли использовались ловушки-загоны.
Анализ костных останков показывает, что обитатели побережья, чья пища была богаче белками, обладали более крепким телосложением, чем жители внутренних районов страны.
Начало морского промысла имело особое значение, ибо стало определяющим для развития существенных черт японской культуры (в широком смысле этого слова), сохранившихся до настоящего времени. В общеисторической перспективе значение охоты для населения Японии с течением времени уменьшалось, а зависимость от ресурсов моря, напротив, росла.
Особенности природных условий Японии позволяли ее обитателям использовать альтернативные источники пищи в зависимости от сезонных изменений, миграций, погодных условий и т. д. Так, анализ содержания «раковинных куч» показал, что сбор раковин особенно активно велся весной и менее интенсивно — летом. Осенью и зимой этот вид хозяйственной деятельности замирал. Это объясняется тем, что весной собирать раковины достаточно просто, а другие пищевые ресурсы менее доступны. Осенью и ранней зимой люди сосредотачивались на сборе растительной нищи (наиболее практичным, т. е. легко сохраняемым видом были каштаны, грецкие орехи и желуди), ловле мигрирующих пород рыб и охоте на перелетных птиц. Зимой же основным источником пищи служила охота. Из крупных млекопитающих люди периода Дзё̄мон больше всего охотились на оленя и кабана (с помощью луков и стрел с каменными и костяными наконечниками). Для ловли барсуков, енотовидных собак и зайцев применяли капканы.
Уже в средний Дзё̄мон присваивающее хозяйство в Японии отличались высокой продуктивностью. Таким образом произошло формирование доземледельческого хозяйственного уклада, основанного на охоте, собирательстве и активном морском промысле. И период Дзё̄мон произошла кардинальная диверсификация источников пищи, которая всегда служит одной из основных характеристик устойчивости хозяйственной системы.
