Однако с ⅩⅨ века большее значение стали приобретать естественные науки. Зоолог Карл Эрнст фон Бэр, эстляндский немец, провёл заслуживающую уважения основополагающую работу по своей специальности в Кёнигсберге и Петербурге, за что и стоит в одном ряду с классиками в области естественных наук. Последним заведующим кафедрой был Отто Келер, прибывший в 1923 году из Мюнхена в Кёнигсберг и в качестве директора Института зоологии и Зоологического музея обратился в первую очередь к исследованиям в области физиологии раздражения и психологии животных. Но это были уже мельчайшие разветвления на древах с прочными корнями, посаженных столетие назад в научную почву Альбертины. В то время в университете работал ботаник Эрнст Майер, родом из Ганновера и поклонник гетевского учения о метаморфозе, знаменитый автор «Истории ботанической науки». Уроженец Укермарки Франц Нойман, отличавшийся универсальной образованностью, основал кёнигсбергскую физическую школу, ученики которой долгое время являлись сотрудниками почти всех немецких кафедр физики. Ему, члену всех больших европейских академий, выпала доля в течение тридцати лет особенно плодотворно поработать в Кёнигсберге. Вестфалец Фридрих Вильгельм Бессель с 1810 по 1846 г. занимался научно-исследовательской и преподавательской деятельностью в Альбертовском университете и стал там основоположником классической астрономии, он, кроме того, работал в области геодезии и геофизики. Наиболее выдающимся его учеником и сотрудником был уроженец Мемеля Фридрих Вильгельм Август Аргеландер (1799–1875), основавший и оборудовавший по примеру Бесселя обсерватории университетов в Або, Гельсингфорсе и Бонне. Физиолог и физик Герман фон Гельмгольц изобрёл в Кёнигсберге офтальмоскоп. Потсдамский математик Карл Якоби, являвшийся с 1827 года профессором в Кёнигсберге, снискал международное признание своими работами по теории эллиптической функции. Кёнигсбержец Давид Гильберт начал свою необычную ученую карьеру в Альбертовском университете, а лишь потом приобрёл в Гёттингене мировую известность своими работами по методу математической физики. Известный географ Герман Вагнер так же, как и он, уехал после четырехлетней деятельности в Кёнигсберге в Гёттинген. Заслуги в области изучения янтаря имеет геолог Карл Андрэ.
Из медиков назовём лишь несколько имён: Альбрехт Вагнер, внедривший в Кёнигсберге современную хирургию и безвременно умерший в военном походе 1871 года. Его преемником стал Шенборн из города Бреслау, который не только добился постройки новой клиники, но и являлся пионером в деле внедрения современных методов безболезненных операций и антисептического лечения. Знаменитый патолог Фр. Д. фон Реклинггаузен также представлял свою специальность в качестве самостоятельной науки в Кёнигсберге; вскоре он нашёл последователя в кёнигсбержце Эрнсте Ноймане, который в течение своей длительной преподавательской Деятельности в первую очередь посвятил себя подготовке врачей из Восточной Пруссии и снискал себе тем самым почётное имя «Вирхов Востока»; и, наконец, следует упомянуть анатома Людвига Штиду (1837–1918), прибывшего в Альбертовский университет из Дерпта и преподававшего в Альбертине с 1885 по 1912 г., посвятив себя посредничеству между Россией и Германией в области результатов исследований. Пауль Леопольд Фридрих (1864–1916) в качестве директора Хирургической клиники с 1911 года добился больших успехов и был пионером в области мозговой и лёгочной хирургии.
