Среди факультетов на первом месте все ещё стоял теологический. Не в последнюю очередь это было обусловлено интересами страны, так как ставший кальвинистским бранденбургский курфюршеский Дом хотел видеть в ортодоксально-лютеранской Пруссии хотя бы одно направление, которое могло 6ы играть посредническую роль; поэтому сам курфюрст поддерживал видного теолога, проф. Драйера, главного представителя так называемого синкретизма. Подобное наблюдалось вплоть до начала ⅩⅧ века, когда лично король Фридрих Вильгельм Ⅰ отдавал явное предпочтение религиозному направлению пиетизма и оказывал ему мощную поддержку. Тогда в Кёнигсберг прибыл фленсбургский теолог Лизиус, в деятельности которого примером являлся Август Герман Франке из Галле и который поэтому пользовался благословением короля. Полного совпадения мнений со всеми сотрудниками университета достичь не удалось. Оба представителя по своему характеру были людьми несовременными, они предвосхищали будущие времена, были в оппозиции по отношению к настроениям коллег и должны были отстаивать свое мнение в борьбе против старой официальной доктрины преподавания. Достаточно примечателен тот факт, что не наука, а правящий Дом давал новые импульсы учебному заведению с традициями, не соответствовавшими духу времени. Однако при этом проявилась и оборотная сторона абсолютизма. От вербовщиков солдат, которые охотились прежде всего на рослых людей и которые при этом не чурались никакого насилия, сбежал тогда в саксонскую заграницу кёнигсбергский магистр Иоганн Кристоф Готшед. В 1743 году было предложено создать при Альбертовском университете Королевское Германское общество по изучению немецкого языка. Скудный прусский жизненный уровень являлся помехой университету ещё во времена Гамана, Гердера и Канта. Однако философия уверенной поступью входила в жизнь, и государственные религиозные законы при Фридрихе Вильгельме Ⅱ, очень досаждавшие университету из-за мелочных предписаний по их реализации, оказались вдруг несовременными по сравнению со свободой восходящего либерализма.
Новый толчок развитию наук был дан после краха старого государства. Реформистские силы из Восточной Пруссии, стоявшие во главе нового подъёма, который на протяжении целого столетия определил судьбу самого большого германского государства, в неменьшей степени проявляли себя и в университете. Вильгельм фон Гумбольдт писал Гёте, что он открыл в Кёнигсберге пять новых кафедр; в том же 1809 году, когда огромные платежи в пользу Франции привели государство на грань катастрофы, университетский бюджет для Кёнигсберга был увеличен почти вдвое. В это время был заложен ботанический сад, осуществлено строительство обсерватории, основана университетская библиотека. И если философский гений Иммануила Канта нашёл в Кристиане Якобе Краусе коллегу, который оказался в состоянии перенести этические принципы в область государственной практики и дать тем самым государственным служащим определённые нормы, то велением времени стало более значительное влияние университета на общественность. Королевское Германское общество пыталось отныне служить устремлениям к общему благу в патриотическом смысле и проявлять заботу о науках и за пределами университета. Наряду с ним после упразднения монархии возникло Кёнигсбергское Ученое общество. Уже в 1792 году было основано Физико-Экономическое общество. Так, уроженец Магдебурга, Карл Розенкранц, историк литературы в Альбертине, смог заметить: «Наши доценты должны были, не слишком далеко выходя за пределы университетской жизни, часто становиться членами обществ ученых, проповедниками или же, из-за своего желания высказаться, выступать перед неуниверситетской публикой.» И только теперь смогли сыграть свою роль контакты с ведомствами, с учреждениями портового и торгового города и с многочисленными активными гуманитарными объединениями. Уже Фихте в 1806/07 годах обращался со своими кёнигсбергскими университетскими лекциями к образованной публике, молодой педагог Иоганн Вильгельм Зюверн добился успеха у королевы Луизы своими публичными лекциями по политической истории Европы. Это все явилось началом освобождения, завершившегося в 1813 году, в котором кёнигсбергские ученые и студенты принимали живое участие, все это способствовало новому расцвету Альбертины, подтверждением чему являются имена целой плеяды прославленных ученых. Теология все же, несмотря на плодотворную деятельность авторитетнейших ученых, и среди них Людвига Августа Келера, бывшего, пожалуй, самой светлой головой среди них, утратила свою лидирующую роль среди факультетов. Изначально задуманная в качестве государственной академии, Альбертина поистине универсально открылась новым научным направлениям, число которых быстро росло.
