Последующие десятилетия оказались, правда, более бурными, чем того хотел герцог при основании своего университета. Спор по поводу евангелических догм и учение Андреаса Осиандера, которого правитель лично ценил и которого он, вопреки желанию факультета, пригласил на кафедру теологии, вскоре потрясли город и страну. Однако его не следует воспринимать как грызню между учеными, это был, скорее, нелёгкий путь познания истинной сути Реформации. Гуманизм и учение Лютера с самого начала соседствовали с принципом свободы. Преследуемым в Польше, Литве, Нидерландах и некоторых германских территориях религиозным течениям в новом университете с момента его основания был дан приют. По примеру конституций Падуи и Болоньи университет располагал собственной юрисдикцией, предоставлял своим сотрудникам и студентам бесплатный и свободный проезд до университета и обратно, имел право избрания на профессорские должности на ученом совете, правитель же страны только утверждал те или иные решения. Государство в своих отношениях с университетом было представлено в одном лишь лице, а именно, в лице князя, и университетский значок в форме герцогской печати являлся выражением государственного суверенитета: на нем был изображён основатель университета в рыцарских доспехах с Имперским мечом. Впрочем, органы самоуправления уже и тогда не очень-то заискивали перед князем.
Однако герцог не только проявлял заботу о6 ученых, но и сумел привлечь большое количество студентов в Кёнигсберг. Им он обещал, что на государственной службе будут в первую очередь использованы выпускники Альбертовского университета. На благо обществу должны были вернуться затраты в деньгах на это учебное заведение. Несмотря на то, что университет был основан государством, он с самого начала получал значительные средства от всевозможных фондов. Юнкерство и купеческие семейства выделяли материальные средства для обеспечения людей и учреждений, причём в этом деле примером, видимо, служила прусская герцогиня Доротея, урожденная принцесса Гольштинская и Датская, заботившаяся о студентах, о жилье и питании для них. Во всяком случае расцветающей академии стало во благо, что размещалась она в столице страны и что имела там живой контакт с правительством, с торговыми кругами и церковью. Однако государственные средства все же были наиболее надёжным постоянным источником доходов, хотя со временем запросы росли, и от запланированной бюджетной сметы вскоре ничего не осталось. Несмотря на огромное богатство, находившееся в собственности университета, надёжную финансовую основу ему смогли обеспечить лишь после того, как его объединили с Педагогической академией, что и помогло ему пережить нужду Тридцатилетней войны и её последствия. Первый столетний юбилей в 1644 году, когда ужасы войны и нужда на территории империи достигли невиданных размеров, в Кёнигсберге смогли спокойно отметить с барочной помпезностью и пышностью. Кёнигсбергский профессор поэтики Симон Дах сочинил по этому случаю пьесу для праздничного представления с историческим и аллегорическим посланием к бранденбургскому Дому и к основателю университета в особенности. Университет, который война обошла стороной, был по меркам, того времени переполнен, что порождало недостатки в отношении финансов и студенческого поведения.
