Через годы, когда И. Репин посмотрел «пропутешествовавшие» к нему рисунки, он отметил «несомненные способности» автора и согласился принять его на рисовальные часы в свою мастерскую. Мечты сбылись: «Фортуна случайно увидела меня и улыбнулась: во мне замерло сердце, я затрепетал от радости — и ожил...»
В тот год, когда Честняков родился, Репин уже закончил Академию художеств и был профессором ее известнейшим художником, кумиром молодежи. Мечтой Ефима была учеба, но учиться живописи у самого Репина — об этом и мечтать он не смел. Оттого и замерло сердце...
Оставив учительство, снова преодолев сопротивление родителей, Ефим Васильевич уезжает в Петербург, чтобы целиком отдаться учебе. «Я так поздно пробился на эту дорогу; поэтому, не теряя ни минуты, не отвлекаясь ничем в сторону, нужно только — учиться и учиться, чтобы не опоздать, успеть вовремя выступить: «пропустя лето, в лес по малину не ходят», — читаем в одном из писем к И. Репину.
Он учился рисовать, писать с натуры сначала в Тенишевской мастерской под заведованием И. Репина, потом Д. Щербиновского. Затем был в общих классах Академии художеств, где преподавали профессора Савинский, Ционглинский, Мясоедов, Творожников. Чтобы получить серьезную подготовку для учебы в натурном классе, Репин советует ему поехать в Казань. В натурном классе Казанской художественной школы он занимался у Скорнякова и Игишина, после чего возвращается в Академию художеств в мастерскую Д. Кардовского, которому к тому времени Репин передал преподавание.
Так сам Ефим Васильевич прослеживает годы своего ученичества «на художественном поприще». Они полны тревоги и волнений. Когда студия княгини М. Тенишевой прекратила свое существование, боясь остаться без руководства И. Репина, Е. Честняков писал ему: «У Вас я всегда чувствовал бы себя в курсе дела... Так как идеалы свои и стремления я не могу менять как сапоги, то теперь для меня свет клином сошелся. Все, чем жил, чем горел, угрожает уйти от меня...» Он просит И. Репина принять его в академическую мастерскую хоть частным образом, «хоть временно, хоть на месяц, на испытание, в уголок куда-нибудь». Так велика была тяга к учению, жившая в нем с самого малолетства.
Честняков не завершил учебу в Академии. После Кровавого воскресенья 9 января 1905 года занятия в Академии художеств были прекращены, а чуть позже приказом великого князя она была закрыта. Ефим Честняков вернулся в Шаблово. И лишь один еще раз, в 1913 году, выберется он ненадолго в Петербург, чтобы поучиться у Д. Кардовского в его академической мастерской.
