В своем стремлении закрепить господство правящего буржуазного блока, разгромить посягающие на власть организации пролетариата, выманив его на улицу, Хатта придал своей программе «рационализации» ярко выраженный антикоммунистический характер. Так, из госаппарата увольняли преимущественно левых; сокращение армии проводилось главным обраом за счет отрядов Песиндо и ВМС; дивизий и лашкаров, близких к КПИ. Реакция стремилась лишить компартию влияют в армейских низах, которое шаг за шагом наращивалось А. Шарифуддином за два года нахождения на посту министра обороны РИ.
В результате провокационных действий правящих кругов и ГРР отдельные стычки в начале сентября 1948 г. в Соло между частями принуждаемой к роспуску IV дивизии, с одной стороны, и частями дивизий Силиванги и лашкарами ГРР — с другой, вылились в середине месяца в серию настоящих сражении. 15 сентября Сукарно объявил военное положение в резидентстве Соло. Правительство Хатты направило Силиванги крупные подкрепления, что помогло антикоммунистам взять в Соло верх.
Опасаясь неизбежного роспуска правительством отрядов. Песиндо, их центральный штаб в третьем по величине городе Яны Мадиуне, действуя по собственной инициативе, 18 сентябри отстранил администрацию РИ и без кровопролития захватил власть в городе и округе. Восстание было полной неожиданностью для Муссо и других членов ЦК, совершавших в это время агитационный предсъездовский тур по городам Республики. Поставленные перед совершившимся фактом, они были вынуждены поддержать восстание: было очевидно, что даже отмежевание ЦК от него не предотвратило бы тотального подавления ФДР антикоммунистическим правительством, получившим желанный предлог для расправы с организованным пролетариатом. К Мадиуну были двинуты отборные войска. 20 сентября военное положение было объявлено на всей территории РИ, лидеры КПИ вне Мадиуна арестованы. В обращении к нации по радио президент обвинил Муссо и КПИ в организации переворота с целью «создания советского правительства», в намерении погубить Республику. Он предложил народу выбирать между ним и Хаттой или «Муссо и его КПИ». Муссо, тоже по радио, ответил резкой отповедью, призвав к свержению президента и премьера.
Было провозглашено создание «правительства Национального фронта Мадиуна». Его программа предусматривала взятие власти во всей стране, национализацию орудий и средств производства, генеральную чистку и демократизацию госаппарата и армии, вооружение рабочих и крестьян.
