Разоружение японцев продолжалось. В резидентстве Баньюмас (Центральная Ява) части ПЕТА во главе с Судирманом сумели без стычки отобрать оружие у крупной японской части, отдав затем Баньюмасскую дивизию. В начале октября 1945 г. республиканцы с боями разоружили японские части в Сурабае и захватили власть в городе. Но в конце месяца в этом крупном порту начали высадку кроме британских также и голландские войска в прямое нарушение обещаний англичан. Попытка интервентов оккупировать город вызвала ожесточенное сопротивление. Их унизительный ультиматум был 10 ноября 1945 г. решительно отвергнут республиканцами. Свыше двух недель слабо вооруженные, необученные лашкары успешно отражали натиск британских регулярных войск, поддержанных корабельной артиллерией и авиацией, но были в конце концов разбиты. Пять дней шли упорные бои с японцами в столице Центральной Явы Семаранге в середине октября. Подоспевшие английские части разбили и разоружили японцев, но Семаранг для РИ был потерян. В Бандунге индонезийцам с середины октября 1945 г. пришлось сражаться одновременно с британскими, голландскими и японскими частями. Только в конце марта 1945 г. республиканские войска вместе со значительной частью населения отступили, оставив противнику горящий город. В ноябре–декабре 1945 г. части ТНИ выступили против вероломности англичан, которые в обход властей РИ освобождали и вооружали интернированных в 1942 г. японцами голландских военнослужащих в Магеланге и Амбараве. С подходом Баньюмаской дивизии Судирмана 16 декабря противник был отброшен к Семарангу.
Внутренние районы Центральной и Восточной Явы остались за Республикой, и в январе 1946 г. в Джокьякарту, в самый центр территории Республики, было переведено правительство РИ (кроме МИДа); туда же перебрались Сукарно и Хатта, так как дальнейшее пребывание в оккупированной Джакарте стало небезопасным. Все эти бои, особенно битва за Сурабай, продемонстрировали всему миру, что Республика не «креатура Японии», а детище индонезийского народа, готового сражаться за нее насмерть. Уже 17 ноября 1945 г. под давлением английского командующего руководство НИКА было вынуждено вступить в переговоры с РИ, которые, однако, вскоре прервало.
Антиимпериалистическая борьба в Индонезии тесно переплеталась с антифеодальной: ведь аристократия и феодализируящаяся общинная верхушка на Внешних островах служили опорой колонизаторов. После октябрьских и ноябрьских боев в Медане, Паданге, Букиттингги и Аче, в ходе которых на Суматре родились первые подразделения ТНИ (мужественно противостоявшие как англо–голландским, так и японским войскам широко используемым здесь англичанами), на Северной и Восточной Суматре развернулась ожесточенная борьба крестьян. В Аче ее возглавили уламы — сельское исламское духовенство, носители буржуазной тенденции. На рубеже 1945. и 1946 г. была свергнута власть улубалангов — местной феодальной аристократии. Большая их часть подверглась физическому уничтожению. На Восточной Суматре, в султанатах Дели, Асахан и Лангкат, антифеодальным восстанием руководили трудящиеся. Местные феодалы в ходе так называемой «социальной революции» были экспроприированы как класс. На Яве крестьяне прогоняли новых помещиков, старост и чиновников колониальной администрации, известных своей преданностью колонизаторам. Из четырех княжеств Центральной Явы Республика сохранила как автономную провинцию лишь одно, крупнейшее, Джокьякарту, глава которого Хаменгку Бувоно IX, единственный из феодальных князей, уже 5 сентября провозгласил свой султанат Особым районом Республики Индонезии, полностью под четным президенту РИ, и активно действовал на стороне Республики. Он был назначен губернатором этого района.
