Несмотря на это, в ночь с 12 на 13 ноября. 1926 г. в столице было начато антиколониальное восстание. Революционеры захватили телефонную станцию, атаковали вокзал и тюрьму. Они нападали на полицейские участки и строили баррикады. Застрельщиками были рабочие, но основную массу повстанцев, составили ремесленники и крестьяне пригородов. Восстание охватило также Бантен, где развернулась настоящая партизанская война, Прианган и Центральную Яву. Восстание на Суматре началось лишь с полуторамесячным запозданием.
Оправившимся от неожиданности колонизаторам удалось, за несколько дней подавить выступление в столице; высвободившиеся войска перебрасывались в другие районы. Когда в- первых числах января 1927 г. развернулось восстание на Суматре (в Минангкабау), на Яве оно уже было проиграно. К середине января восстание было подавлено повсеместно, тысячи революционеров погибли. Расправа с повстанцами была жестокой. Арестам подверглись свыше 13 тыс. человек, тюремному заключению — 4,5 тыс. из них. Более 1,3 тыс. колонизаторы сослали в гиблые болота концентрационного лагеря Бофен Дигул на Западном Ириане. Шестнадцать человек было казнено.
Ряд видных руководителей компартии (Семаун, Дарсоно, Алимин, Муссо) остались в эмиграции. КПИ вместе со всем ее алираном: СР и левыми профсоюзами — были объявлены вне закона; созданный в подполье новый состав ЦК был арестован в апреле 1927 г. Тан Малака и его сторонники, до восстания проводившие линию Коминтерна, теперь отошли от нее, скатившись на националистические позиции, и даже пытались создать раскольническую ПАРИ (Партия Индонезийской республики).
С осуждением жестокого террора голландских колонизаторов выступил ряд видных представителей мировой общественности, в частности Анри Барбюс. Кампанию протеста провел и Коминтерн, который клеймил позором «европейское мещанство», третировавшее повстанцев. ИККИ подчеркивал необходимость сохранения рекомендованного им ранее стратегического курса и ориентировал КПИ на трудную деятельность в подполье и работу среди масс через некоммунистическую революционную организацию, которую необходимо создать. Был рекомендован тактический союз с наиболее радикальной частью национальной буржуазии.
Восстание 1926—1927 гг. было начато при отсутствии революционной ситуации, в обстановке уже развернувшихся преследований, разгрома КПИ и было слабо подготовлено в политическом и организационном плане. Отсутствовало единство мнений в ЦК. Восстание вылилось в цепь локально изолированных, несинхронных выступлений. И все же восстание показало уязвимость колониального режима. Оно было общенациональным, объективно способствовало росту национального и властного сознания масс. Закономерным, а не случайным явлением поэтому стал выход на политическую авансцену в последующие годы не реформистских, а революционных национальных организаций.
