Несколько слов стоит сказать об истории этого храма в Кремле. Нам не известна точная дата его появления в укрепленном центре Москвы. Впервые о нем сообщили русские летописи, когда описывали пожар в крепости, случившийся 24 октября 1476 года. Пожары второй половины XV столетия вообще необычайно подробно описаны в летописях, поскольку великий князь Иван III лично участвовал в их ликвидации. В тот раз пожар начался «близ Никольских врат в 5 час дне межи церквей Введения Богородицы и Козьмы Дамиана».
Известно, что храм этот был перестроен «по великого князя слову Ивана Васильевича» в 1504 году. Именно эта постройка изображена на плане Москвы начала XVII века — высокий одноглавый храм в переулке против задних ворот Чудова монастыря в Кремле. С XVI века церковь принадлежала этой мужской обители. С 1652 года упоминается о приделе святого Филиппа, который стоял всего в четырех саженях от основного храма. Кладбище при церкви Козьмы и Дамиана было закрыто царским указом в 1657 году. В жестокий пожар 1737 года церковь сильно обгорела, а скоро и вообще ее упразднили — разобрали, как и другие постройки этого участка Кремля, дабы освободить место для дворца.
Еще представилась возможность изучить небольшой участок кладбища, не нарушенного строительством. Сохранилось шесть непотревоженных захоронений в деревянных долбленых колодах и дощатых гробах. Они размешались на глубине трех — четырех метров от современной поверхности и относились к древнейшей части некрополя. Среди них было одно детское, остальные — взрослых людей. Наконец-то можно было детально и подробно изучить захоронения, конструкции гробов и их инвентарь. В нескольких лежали небольшие ритуальные сосудики — глиняные поливные чашечки. Подобные им были в погребениях XIV-XV веков, в том числе в могилах князя Дмитрия Ивановича Донского (1389 год), великой княгини Софьи Витовтовны (1453 год), жены Василия I.
Но, пожалуй, самой интересной была находка обломков белокаменных намогильных плит, весьма важная для уточнения датировки.
Эти плиты (а вернее — их части) орнаментированы крупными врезными треугольниками, известными в исторической литературе как «волчий зуб». Орнамент этот весьма архаичен. Подобные намогильные памятники были обнаружены в северной части Соборной площади Кремля (район Успенского собора) и датированы XIII — началом XIV веков. Эти плиты с древнейшим вариантом рисунка как раз-то и позволяют утверждать, что по крайней мере в середине XIV столетия в Кремле уже существовала церковь во имя Козьмы и Дамиана Возможно, она была первоначально деревянной и лишь позднее — каменной.
