Происхождение Тиауанако вызывает, пожалуй, огромное количество споров среди историков. Некоторые консервативные археологи считают, что первый этап строительства Тиауанако имел место в «чавинский период» между 100 и 500 годом нашей эры, но при этом, как ни странно, признают, что культура Чавина не создала монументальных каменных сооружений, сохранившихся до наших дней. Другие утверждают, что Тиауанако появился за 10 000-15 000 лет до возникновения цивилизации Чавина.
Большинство исследователей сходится на том, что первоначальное поселение было покинуто около 500 года нашей эры по неизвестным причинам. В начале VII века город испытал приток поселенцев из южного прибрежного региона Наска, которые населяли город в течение примерно 300 лет, пока он снова не пришел в упадок около 900 года. Когда инки захватили город в 1463 году, они переименовали его, назвав «городом мертвых», или Тиауанако.
Еще один спорный вопрос связан с хронологией; согласно официальной таблице, установленной для современных посетителей Тиауанако, история поселения включает следующие этапы:
I и II эпохи * Андийские эпохи * 1580 г. до н. э. — 133 г. н. э.
III эпоха * Урбанистическая эпоха * 133–374 г. н. э.
IV эпоха * Классическая эпоха * 374–900 г. н. э.
V эпоха * Имперская эпоха * 900—1200 г. н. э.
В своей книге «История завоевания Перу» Уильям Прескотт отмечает:
«Мы можем с достаточной уверенностью утверждать, что задолго до появления инков в стране существовала высокоразвитая цивилизация, центром которой, судя по многим признакам, были окрестности озера Титикака. Этот вывод подкрепляется руинами впечатляющих каменных строений, до сих пор выдерживающих натиск времени. Вопрос о том, кем были представители этой цивилизации и куда они ушли, может составить заманчивую тему для исследователя с богатым воображением, но возможные ответы находятся далеко за пределами исторической науки.
Тот самый туман, который окутывает происхождение инков, сгущается и над более поздними историческими анналами. Записи, которыми пользовались перуанцы, были столь несовершенными, а их традиции — настолько запутанными и противоречивыми, что историк не может найти для себя твердой опоры вплоть до периода, на сто лет предшествовавшего испанскому завоеванию».
Первый Инка, Манко Капак, мог быть мифологической фигурой, культурным героем или же реальным правителем, обладавшим замечательными способностями. Первым историческим Инкой был его преемник Синчи («сильный человек») Рока, чье правление началось примерно в 1105 году (хотя некоторые ученые утверждают, что он правил на 100 лет позже) в городе Куско. Затем линия инкских владык продолжалась в следующем порядке: Льоке Юпанки, Майта Капак, Капак Юпанки, Инка Рока, Яуар Уакак, Виракоча, Куси Пачакутек, Тупак Юпанки и Уайна Капак, последний правитель единой империи, которая была разделена между его сыновьями Уаскаром и Атауальпой незадолго до его смерти.
