Представители так называемой военной оппозиции во главе с Ворошиловым утверждали, что бывшие офицеры все равно тяготеют к белым и будут к ним перебегать, так что напрасно им дают больше прав, чем комиссарам. Оппозиция возражала против принятого 12 декабря 1918 года Совнаркомом положения о правах и обязанностях командира армии и фронта.
Командующий получал полную самостоятельность в вопросах стратегически-оперативного характера и право назначения всего командного состава. Если член Реввоенсовета не был согласен с действиями командующего, он должен был обращаться в РВС Республики. Военная оппозиция оставалась недовольна тем, что в результате комиссару остались функции только политического контроля, а не право командовать.
Задача военной оппозиции состояла в том, чтобы настроить Ленина против Троцкого, а затем свалить его с поста председателя Реввоенсовета. Но Ленин выступил в защиту военной политики и самого Троцкого, поэтому материалы дискуссии по военным вопросам никогда при советской власти не публиковались.
От имени военной оппозиции Филипп Голощекин, представлявший Сибирь, заявил, что «политика ЦК не проводится военным ведомством», Ленин ответил ему:
— Если вы такие обвинения ставите, если вы, выступая ответственным оратором на партийном съезде, можете Троцкому ставить обвинение в том, что он не проводит политику ЦК, — это сумасшедшее обвинение. Вы ни тени доводов не приведете. Если вы это докажете, ни Троцкий не годится, ни ЦК. Какая же это партийная организация, когда она не может добиться, чтобы проводилась эта политика? Из членов съезда ни один серьезно этого не думает.
Ленин со всей страстью накинулся на оппозицию и добился того, что она фактически капитулировала и тезисы Троцкого съезд принял единогласно. Но Владимир Ильич не хотел ссориться с влиятельными людьми, поэтому заставлял и Троцкого идти на уступки. От председателя Реввоенсовета требовали, чтобы он устраивал ежемесячные заседания с партийными работниками и больше к ним прислушивался. В решении ЦК даже записали: просить Ленина поговорить на этот счете Львом Давидовичем.
26 марта 1919 года Ленин, Сталин, Николай Крестинский и Лев Каменев подготовили проект постановления ЦК:
«Просить т. Троцкого увольнять и перемещать военных работников-коммунистов не иначе как через партийную организацию (оргбюро ЦК)… Указать т. Троцкому на необходимость как можно более внимательного отношения к работникам-коммунистам на фронте, без полной товарищеской солидарности с которыми невозможно проведение политики ЦК в военном деле».
