Первым начальником Особого отдела стал Михаил Сергеевич Кедров, который до этого (с сентября 1918 года) руководил Военным отделом ВЧК. В марте 1919-го Кедрова сделали членом коллегии, но уже в мае его отправили особоуполномоченным на фронт. Он вообще в ВЧК не задержался. В 1920 году его включили в правительственную комиссию по расследованию злодеяний интервентов и белогвардейцев на Севере. Потом он работал в Наркомате просвещения…
В августе 1919 года руководить Особым отделом Центральный комитет партии поручил самому Дзержинскому. Но уже 15 сентября в Особом отделе появился Вячеслав Рудольфович Менжинский, будущий глава госбезопасности. Для начала его назначили особоуполномоченным. Через полгода он — уже заместитель начальника отдела, а еще через несколько месяцев возглавил особистов. В июле 1922 года его утвердили членом коллегии ВЧК.
Менжинский докладывал о работе особых отделов, о ситуации в армии (и не только в армии) и Дзержинскому, и Троцкому. Председатель Реввоенсовета был куда более важной фигурой, чем председатель ВЧК. Поэтому военные чувствовали себя уверенно и не боялись чекистов. После ухода Троцкого из армии ситуация радикально изменится. А в Гражданскую войну разгневанный командарм запросто мог арестовать начальника Особого отдела, если у них не складывались отношения.
Вячеслав Менжинский был исключительно лоялен по отношению к наркому по военным и морским делам. Троцкий вспоминал:
«Он явился ко мне в вагон с докладом по делам особых отделов в армии.
Закончив с официальной частью визита, он стал мяться и переминаться с ноги на ногу с той вкрадчивой своей улыбкой, которая вызывает одновременно тревогу и недоумение. Он кончил вопросом: знаю ли я, что Сталин ведет против меня сложную интригу?
— Что-о-о? — спросил я в совершенном недоумении, так как был далек тогда от каких бы то ни было мыслей или опасений такого рода.
— Да, он внушает Ленину и еще кое-кому, что вы группируете вокруг себя людей специально против Ленина…
— Да вы с ума сошли, Менжинский, проспитесь, пожалуйста, а я разговаривать об этом не желаю.
Менжинский ушел, перекосив плечи и покашливая. Думаю, что с этого самого дня он стал искать иных осей для своего круговращения».
Доверительность отношений Менжинского с Троцким не стоит переоценивать. Тут не было ничего личного. Начальник Особого отдела ответственно исполнял свои обязанности — пытался предупредить своего начальника о грозящей ему опасности, не более того.
